بقائی در خصوص روابط ایران و آژانس بین‌المللی انرژی اتمی نیز گفت: رابطه جمهوری اسلامی ایران با آژانس بین‌المللی انرژی اتمی همچنان برقرار است. ما کماکان عضو معاهده عدم اشاعه هسته‌ای (NPT) هستیم و خود را متعهد به اجرای موافقتنامه جامع پادمان می‌دانیم.
به گزارش ایرنا، بقایی افزود: هفته گذشته، دیداری در سطح مدیران کل در وین برگزار شد؛ مدیرکل آژانس، مدیرکل صلح و امنیت بین‌المللی و معاون مدیرکل آژانس با مقامات جمهوری اسلامی ایران دیدار کردند. این دیدار در ادامه گفت‌وگویی بود که دو هفته قبل در تهران انجام شده بود و طی آن، جمهوری اسلامی ایران و آژانس در خصوص تدوین چارچوب نحوه تعامل و همکاری مشغول رایزنی هستند.
وی افزود: موضوع را نباید دست‌کم گرفت. حمله غیرقانونی اخیر به تأسیسات هسته‌ای صلح‌آمیز ایران بی‌سابقه بوده است و ما تأکید داریم که آمریکا مسئول این اقدام است. همچنین، آژانس بین‌المللی انرژی اتمی به دلیل قصورهایی که در این زمینه داشته، در این رخداد بی‌سابقه نقش داشته است. پیش از این سابقه نداشت که آژانس درگیر بازرسی از اماکن و تأسیسات هسته‌ای شود که مورد حمله غیرقانونی دیگر کشورها قرار گرفته باشد.
بقایی گفت: بنابراین، طبیعی است که در این برهه زمانی، ما نیازمند تدوین برنامه‌ای جدید و تعیین نحوه کار تازه‌ای با آژانس باشیم و همکاران ما مشغول پیگیری و تنظیم این برنامه هستند.