یک روز پس از سوء قصد به جان حضرت آیت الله خامنه ای در ششم تیر ماه ۱۳۶۰، در ساعت ۲۰ و ۳۰ دقیقة شامگاه روز یکشنبه هفتم تیر ماه ۱۳۶۰، جلسه ای در سالن اجتماعات دفتر مرکزی حزب جمهوری اسلامی واقع در سرچشمه تهران برگزار شد. افراد حاضر در جلسه نمایندگان مجلس، و برخی از اعضای هیات دولت و... بودند و بحث روز درباره تورم بود اما عده ای از اعضاء خواستند که درباره انتخابات ریاست جمهوری نیز صحبت شود.
این فاجعه هولناک با عکس العمل استکبار جهانی و عوامل داخلی آنها در قبال برکناری بنی صدر خائن و حذف ضد انقلاب از صحنه سیاسی کشور توسط مسئوولین نظام اسلامی بود. عوامل این جنایت بزرگ معتقد بودند که در اثر کشتار مسئوولان عالی رتبه، اوضاع کشور بهم می ریزد و انقلاب اسلامی از بین خواهد رفت ولی به کوری چشم دشمنان، انقلاب ما پایدارتر شد و هیچگونه تزلزلی در ارکان نظام به وجود نیامد. در انفجار دفتر مرکزی حزب جمهوری اسلامی علاوه بر آیت الله بهشتی، تعداد زیادی از وزرای کابینه و نیز نمایندگان مجلس شورای اسلامی به شهادت رسیدند. حضرت امام خمینی (ره) پس از این حادثه فرمودند: « ملت ایران در این واقعه، ۷۲ نفر به عدد شهدای کربلا را از دست داد. بهشتی خار در چشم دشمنان اسلام بود ».
این حادثه از جمله اقدامات تروریستی سازمان جهنمی منافقین(سازمان مجاهدین خلق ) در سالهای اولیه پس از پیروزی انقلاب محسوب میشود. حادثه هفتم تیر شش روز پس از عزل بنیصدر از ریاست جمهوری و یک ماه قبل از فرار وی و مسعود رجوی سرکرده سازمان مجاهدین خلق به فرانسه صورت گرفت. سه روز قبل از وقوع این حادثه، محمد جواد قدیری عضو کادر مرکزی سازمان مجاهدین خلق و طراح اصلی انفجار مسجد ابوذر ۱ به دوستان خود با اطمینان خبر داده بود که «روز هفتم تیر» کار یکسره خواهد شد.(۲) او روز ششم تیر نیز مجدداً به بعضی متهمین دستگیر شده سازمان تأکید کرده بود که فردا یعنی روز ۷ تیر ۱۳۶۰، کار نظام اسلامی تمام است.
براساس نوار ضبط شده از اظهارات شهید بهشتی ، آخرین جملات مشارالیه در لحظات قبل از انفجار چنین بود:جملاتش را با این عنوان آغاز کرد: « ما بار دیگر نباید اجازه دهیم استعمارگران برای ما مهره سازی کنند و سرنوشت مردم ما را به بازی بگیرند و تلاش کنیم کسانی را که متعهد به مکتب هستند و سرنوشت مردم را به بازی نمیگیرند انتخاب شوند و ..... » (۵) این آخرین کلمات آن بزرگوار بود که از لبانِ حقگوی ایشان بیرون تراوید. ناگهان انفجاری مهیب روی داد و در کمتر از ثانیه ای، از سالن اجتماعات حزب جهموری اسلامی جز تلی از خاک، چیزی نماند. فاجعه انفجار دفتر مرکزی حزب جمهوری اسلامی در تهران و شهادت مظلومانه جمعی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی و مقامات دولتی از جمله معاونین وازرتخانهها که در حال تبادل نظر با یکدیگر در زمینه مشکلات کشور بودند، موجب به شهادت رسیدن هفتاد و دو تن از برجستگان و نیروهای لایق و کارآمد انقلاب سیاسی و مذهبی و در رأس آنها آیتالله "سیدمحمد حسینی بهشتی" رئیس دیوان عالی کشور می شد .
عامل انفجار هفتم تیر، فردی به نام محمدرضا کلاهی دانشجوی دانشگاه علم و صنعت بود که پس از پیروزی انقلاب به سازمان مجاهدین خلق پیوست و با حفظ این عضویت، ابتدا پاسدار کمیته انقلاب اسلامی خیابان پاستور شد و بعد با هدایت سازمان، به داخل حزب جمهوری اسلامی راه پیدا کرد. او در حزب ارتقاء یافت و مسئول دعوتها برای کنفرانسها و میزگردها و جلسات شد. ضمن آنکه مسئول حفاظت حزب نیز گردید.
او بمب را با کیف دستی خود به داخل جلسه حزب جمهوری اسلامی واقع در نزدیکی چهار راه سرچشمه تهران انتقال داد و دقایقی قبل از انفجار، از ساختمان حزب خارج شد. پس از انفجار نیز مدتی در منزل یکی از اعضای سازمان متبوع خود مخفی شد و نهایتاً از طریق مرزهای غربی کشور به عراق منتقل گردید. او در عراق با یکی از اعضای سازمان ازدواج کرد. اما در ۱۳۷۰ در فهرست اعضای «مسئلهدار» سازمان قرار گرفت، در ۱۳۷۲ از سازمان جدا شد و در ۱۳۷۳ از عراق رهسپار آلمان گردید.