متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم‌ا... الرّحمن الرّحیم
انالله و انا الیه راجعون
ملت عزیز ایران!
رهبر شجاع و مجاهد برجسته‌ فلسطینی جناب آقای اسماعیل هنیه درسحرگاه امروز(دیروز)به لقاء‌ا...پیوست وجبهه‌ عظیم مقاومت عزادار شد. رژیم صهیونی جنایتکار و تروریست، مهمان عزیز ما را در خانه ما به شهادت رسانید و ما را داغدار کرد، ولی زمینه‌ مجازاتی سخت برای خود را نیز فراهم ساخت.
شهید هنیه سال‌ها جان گرامی‌اش را در میدان مبارزه‌ای شرافتمندانه بر سردست گرفته و آماده‌ شهادت بودوفرزندان وکسان خود را در این راه تقدیم کرده بود. او از شهید شدن در راه خدا و نجات بندگان خدا باک نداشت، ولی ما در این حادثه‌ تلخ و سخت که در حریم جمهوری اسلامی اتفاق افتاده است، خونخواهی او را وظیفه‌ خود می‌دانیم.
اینجانب به امت اسلامی، به جبهه مقاومت، به ملت شجاع و سرافراز فلسطین و بالخصوص به خاندان و بازماندگان شهید هنیه و یکی از همراهانش که با وی به شهادت رسیده است، تسلیت عرض می‌کنم و علوّ درجات آنان را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.

 سیّدعلی خامنه‌ای
۱۰ مرداد ۱۴۰۳ مصادف با ۲۵ محرم ۱۴۴۶