جواد نکونام در تابستان سال ۱۳۹۵ تصمیم گرفت کفش‌هایش را آویزان کند و از فوتبال به عنوان بازیکن خداحافظی کرد تا به جرگه مربیان بپیوندد. سرمربی کنونی استقلال با حضور در موسسه خیریه بهشت رضا (ع) از دنیای فوتبال خداحافظی کرد البته تعدادی از دوستان سرشناس نکونام از جمله علی دایی، کریم باقری، عادل فردوسی‌پور و احسان علیخانی نیز همراه با او در این موسسه خیریه حضور داشتند و فضای خاصی آن‌جا ایجاد شده بود.

خبرورزشی در ۲۶ تیر سال ۹۵ گزارشی اختصاصی از خداحافظی نکونام در موسسه خیریه بهشت رضا منتشر کرد. نکونام در آن‌جا خطاب به حاضرین گفت: وقتی از اسپانیا به ایران برگشتم و با استقلال قرارداد بستم، دلم می‌خواست با پیراهن آبی از دنیای بازیگری خداحافظی کنم اما نتوانستم به این خواسته قلبی خودم برسم. از این اتفاق دلخور هستم اما دیگر چیزی مهم نیست و همه‌چیز تمام شد. علاوه بر هواداران استقلال، باید از طرفداران پرسپولیس هم که در دیدارهای ملی حمایتم کردند، تشکر کنم. درست است که نتوانستم در زمین چمن از فوتبال خداحافظی کنم اما خوشحالم در بهشت این کار را انجام دادم. بودن درمیان کودکان موسسه بهشت رضا (ع) حس بسیار زیبایی دارد و انگار آدم در بهشت است.

عادل فردوسی‌پور هم یکی از مدعوین به آن مراسم بود و در واکنش به خداحافظی جواد نکونام گفت: این‌طور خداحافظی کردن برای یکی از بازیکنان پرافتخار و کاپیتان تیم ملی کشورمان واقعا تلخ است. هرچند این خداحافظی در مکانی مقدس برگزار شد ولی یک فوتبالیست باید در زمین فوتبال هم فرصت خداحافظی داشته باشد. البته این اولین بار نیست که شاهد چنین اتفاق تلخی هستیم چون علی دایی و کریم باقری که جزو مهمانان همین مراسم هم هستند، به عنوان کاپیتان‌های تیم ملی غریبانه رفتند. خوب نیست سه کاپیتان از سه نسل فوتبال ایران این‌قدر غریبانه خداحافظی کنند.