۱. شنیده شده برخی ماموران دولتی به صاحبان مجوزهایی که به‌‌‌صورت خودکار صادرشده‌اند، گفته‌‌‌اند این مجوزها را قبول ندارند. لازم به ذکر است صاحبان شناسه یکتا، بهطور کلی نیازی به مراجعه به ادارات دولتی ندارند و می‌‌‌توانند کسب‌وکارشان را شروع کنند. براساس تبصره ۶ ماده «یک» قانون تسهیل صدور مجوزها، در مواجهه با استعلام ماموران دولتی، نظامی، انتظامی و ضابطان قضایی، ارائه شناسه یکتای مجوز صادره از سوی دارنده مجوز کفایت می‌کند و درخواست مدارک اضافی از صاحبان شناسه یکتا، جرم محسوب و مرتکب، به یکی از مجازات‌‌‌های تعزیری درجه۶ موضوع ماده ۱۹ قانون مجازات اسلامی محکوم می‌شود. بر این اساس، اگر مامور دولتی مانع فعالیت اقتصادی صاحب مجوز قانونی (شناسه یکتا) شود، صاحب مجوز می‌‌‌تواند مستندات وقوع این جرم (قبول نداشتن مجوز قانونی) را از دکمه شکایت در کارپوشه خود در درگاه ملی مجوزها اعلام کند تا متخلفان مورد پیگرد قانونی قرار گیرند.
۲. ممکن است برخی از صاحبان این مجوزها، همه شرایط لازم در درگاه ملی را نداشته باشند و بر اثر کوتاهی مرجع صدور در بررسی به‌موقع درخواست آنها، مجوز بهطور خودکار صادر شده باشد. در این صورت بهتر است خود متقاضی از کارپوشه خود، این مجوز را لغو کند. مراجع صدور مجوز و نظارت بر فعالان اقتصادی هر حوزه نیز لازم است برای جبران ترک فعل خود در بررسی به‌موقع درخواست‌‌‌ها، پرونده صاحبان این مجوزها را بررسی کنند و اگر مجوزی نباید صادر می‌‌‌شد، با ذکر شماره شرط مصرح در درگاه ملی که متقاضی فاقد آن شرط بوده، درخواست متقاضی را رد و مجوز صادرشده را ابطال کنند.
لازم به یادآوری است، در قانون جدید درباره مجوزها (تبصره ۴ ماده ۱۳ قانون تامین مالی تولید ابلاغی اردیبهشت ۱۴۰۳) رد کردن بدون دلیل درخواست مجوز توسط مراجع صدور، جرم تلقی شده است.