اختلاف میان مهدی رحمتی و امیر قلعه‌نویی از اسفند ماه سال ۱۳۹۲ به صورت جدی مطرح شده بود و طرفین چند ماه با یکدیگر رابطه بسیار سردی در استقلال داشتند. سرانجام خبرورزشی ۲۹ خرداد سال ۹۳ در گزارشی که تیتر اول ما هم شد، به حضور رحمتی در پیکان و جدایی او از جمع آبی‌پوشان پایتخت اشاره کرد.

اتفاقی که سر و صدای بسیار زیادی راه انداخت و استقلالی‌ها چند روز پس از آن محسن فروزان را جذب کردند اما مرحوم منصور پورحیدری در پاییز همان سال ۹۳ در گفت‌وگوی اختصاصی با خبرورزشی به صراحت گفت از دست دادن مهدی رحمتی اشتباه بزرگی بود که استقلال مرتکب شد.

رحمتی تابستان سال ۹۴ و پس از جدایی امیر قلعه‌نویی دوباره به استقلال برگشت.