نظر امام خمینی درباره نواب صفوی یکی از تفاوت‌های جدی او را با دیگر روحانیون نشان می‌دهد.

به گزارش عصر ایران، تفاوت نگاه با روحانیون سنتی اما سبب نشد که (امام خمینی) به آن سو بگرود و از گروه های مسلح حمایت کند. با این که برای لغو مجازات اعدام سید مجتبی نواب صفوی کوشید و از اعتبار خود نزد آیت‌الله بروجردی مایه گذاشت اما هرگز شیفته نواب نبود.

حتی در عصر جمهوری اسلامی وقتی خانواده نواب صفوی به دیدار می‌آیند به این جمله بسنده می‌کند: «مردی بود». برخی گفته‌اند جای دیگر هم از او با عنوان «باصفا» یاد کرده که هیچ یک مؤید شیوه او نیست.