هیات بررسی و تطبیق مصوبات دولت در ایرادات خود تاکید کرد براساس قانون امور گمرکی، ارزش گمرکی کالای ورودی برابر با ارزش بهای خرید کالا در مبدا به اضافه هزینه بیمه و حمل‌و‌نقل و سایر هزینه‌هاست؛ این در حالی است که در آیین‌نامه واردات خودرو، ارزش گمرکی خودرو به هزینه حمل‌و‌نقل منحصر شده و حقوق گمرکی شفاف نیست. همچنین مجلس با تاکید بر اینکه براساس قانون، سود بازرگانی باید توسط هیات وزیران تعیین شود اما در آیین‌نامه واردات خودرو سود بازرگانی توسط کارگروهی متشکل از وزارت صنعت، معدن و تجارت، وزارت امور اقتصاد و دارایی و سازمان برنامه‌و‌بودجه کشور تعیین شده است، بر این نکته پافشاری کرده که مصوبه هیات بررسی و تطبیق مصوبات دولت با قوانین خواستار شفافیت حقوق گمرکی و سود بازرگانی و جلوگیری از اعمال سلیقه در این بخش شده است. در ادامه نیز مجلس خواهان شفافیت نرخ ارز به منظور جلوگیری از رانت شده بود.
بر این اساس هیات دولت نیز چندی پیش ایرادات آیین‌نامه واردات خودرو را اصلاح و به وزارت صمت ابلاغ کرد. در تصویب‌نامه مذکور تاکید شده در تبصره ۲ که ارزش گمرکی براساس سیف محاسبه شده است، کلمه سیف در اصلاحیه دولت حذف می‌شود. اما در بند ۲ تصویب‌نامه قبلی بر این نکته تاکید شده بود کارگروهی با مسوولیت وزارت صمت و ... موظف به تعیین نرخ سود بازرگانی بودند؛ این در شرایطی است که مجلس تشکیل این کارگروه را خارج از عرف خوانده بود. حالا در اصلاحیه دولت با اشاره به اینکه خودروهای وارداتی صرفا در بورس کالا عرضه می‌شوند، تاکید شده نرخ سود بازرگانی خودروهای وارداتی بر حسب ارزش (کد) با تصویب هیات وزرای عضو کارگروه متشکل از وزرای صنعت، معدن و تجارت، امور اقتصادی و دارایی و رئیس سازمان برنامه‌و‌بودجه کشور با رعایت ماده ۱۹ آیین‌نامه داخلی هیات دولت به گونه‌ای تصویب می‌شود که مابه‌التفاوت قیمت پایه با قیمت‌های پایانی در بورس کالا معادل سود عادلانه باشد.
کارگروه مذکور مجاز به تعیین علی‌الحساب سود بازرگانی در زمان ترخیص و تعیین سود بازرگانی قطعی در زمان فروش است. اما در بند ۸ آیین‌نامه قبلی عنوان شده بود وزارت صمت با همکاری بانک مرکزی دستورالعمل‌های اجرایی این تصویب‌نامه، از جمله چگونگی تامین و تخصیص ارز، مشخصات فنی، خدمات پس از فروش، انتقال فناوری و تعیین صلاحیت‌های فنی و حرفه‌ای واردکنندگان را تدوین و ابلاغ می‌کند. مجلس نیز ضمن ایراد به بند ۸ خواستار اصلاح آن شده بود. در تصویب‌نامه دولت در مورد بند ۸ آمده است که به استناد ماده ۴ قانون ساماندهی صنعت خودرو، واردات با رعایت این موارد باید انجام شود.
اولین مورد اینکه مشخصات فنی واردات خودرو باید با استانداردهای مربوط و از نظر آلایندگی محیط زیست با ضوابط تعیین‌شده در آیین‌نامه فنی در زمینه کنترل و کاهش آلودگی‌ها منطبق باشد. دوم اینکه به منظور رعایت حقوق مصرف‌کنندگان و تامین‌کنندگان، کلیه واردکنندگان خودرو مکلف به داشتن نمایندگی رسمی و تعمیرگاه مجاز، تامین قطعات یدکی و ارائه خدمات پس از فروش از مرجع احراز انتقال فناوری در ازای واردات خودرو، وزارت صنعت، معدن و تجارت هستند. آخرین مورد اینکه صلاحیت‌های فنی و حرفه‌ای واردکنندگان باید بر اساس سامانه یکپارچه اعتبارسنجی و رتبه‌بندی اعتباری موضوع ماده ۴ آیین‌نامه اجرایی مواد ۵ و ۶ قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز انجام شود.