او، سپس به تدریس آثار فلسفی و عرفانی مانند اشارات، اسفار اربعه و شرح فصوص قیصری و شرح منظومه پرداخت. وی، همچنین حدود ۱۷ سال ریاضیات و هیأت تدریس کرد.

به باور حسن‌زاده آملی، دین، فلسفه و عرفان، با هم هماهنگ‌اند. او ادعای یونانی‌بودن فلسفه اسلامی را نادرست می‌داند؛ زیرا فیلسوفان مسلمان، اندیشه‌های فلاسفه پیش از اسلام را عمق بخشیده و پخته‌اند. به گفته سید یدالله یزدان‌پناه، از شاگردان وی، حسن‌زاده بیشترین تأثیر را از ملاصدرا و ابن عربی گرفته است.

او آثار بسیاری در فلسفه، عرفان، ریاضی، نجوم، ادبیات فارسی و عربی دارد و برخی از مهم‌ترین آثار فلسفی و عرفانی چون اسفار اربعه، اشارات، شفا و شرح فصوص الحکم را تصحیح کرده و بر آنها شرح و حاشیه نگاشته است. وی نهج‌البلاغه و کشف المراد را تصحیح کرده است. دیوان اشعاری نیز از او به جای مانده است.

علامه حسن‌زاده در سوم مهر ۱۴۰۰ش (۱۸ صفر ۱۴۴۳ق) بر اثر بیماری قلبی در بیمارستان شهر آمل درگذشت.