در قسمت‌هایی از این سریال، مقام‌های دولت و وزارت خارجه به خصوص در مذاکرات هسته‌ای را نشان می‌داد که باعث شد صدای اعتراض برخی مقام‌های دولتی بلند شود.
اما تهیه‌کننده سریال در پاسخ به انتقاد‌ها گفت که «هیچ نهادی نمی‌تواند ادعا کند که اطلاعاتش از سپاه درباره پرونده جیسون رضاییان کامل‌تر است و همه اتفاق‌ها مو به مو رخ داده‌است».
بعد از حواشی پخش فصل اول سریال «گاندو»، در تیر ۹۸ تهیه کننده این سریال اعلام کرد براساس چند پرونده جاسوسی، فصل دوم «گاندو» را می‌سازد. به همین دلیل گویا «گاندو ۲» در سکوت خبری جلوی دوربین رفته است.
اگر فصل اول این سریال به موضوع جاسوسی برای آمریکایی متمرکز بود، سری دوم به جاسوسی و نفوذ برای انگلیس متمرکز شد و می‌خواست نشان دهد دستگاه‌های اطلاعاتی و امنیتی ایران چگونه نقشه‌های ماموران "ام‌آی۶" را شناسایی و خنثی می‌کنند.
داستان با انتقال فردی که آن سوی مرز‌ها دستگیر شده و به نوعی یادآور روح‌الله زم است، آغاز شد و "محمد" قهرمان داستان، برای پرونده جاسوسی که به اختلاف شیعه و سنی دامن می‌زند به یکی از شهر‌های مرزی می‌رود و در این پیگیری‌ها، سرنخ‌های جدیدی از ارتباط مذاکره‌کنندگان هسته‌ای ایران با قدرت‌های خارجی و بطور مشخص با بریتانیا بدست می‌آید. در ادامه داستان با شخصیت‌هایی مثل ابراهیم شریف، موسی‌پور، هادی صابونچی، عبدالرسول اشرفی و بهادر کریمی آشنا می‌شویم که مستقیم یا غیرمستقیم در مذاکرات هسته‌ای ایران حضور دارند و به عنوان جاسوس، اطلاعات محرمانه اقتصادی و سیاسی ایران را به طرف‌های خارجی می‌دهند.
دومین سریال پرمخاطب نوروز ۱۴۰۰
بر اساس نظرسنجی مرکز تحقیقات رسانه ملی، بعد از فصل سوم سریال «نون خ» شبکه یک سیما، سریال «گاندو ۲» از شبکه سه سیما با ۵۵.۸ درصد مخاطب و رضایت ۸۷.۶ درصدی درحد زیاد در رتبه دوم سریال‌های هفته اول نوروز ۱۴۰۰ قرار گرفته است.
فصل دوم «گاندو» که هر شب از شبکه سه سیما پخش می‌شد، نخستین تجربه سیما در سریال‌های نوروز به حساب می‌آید که در قالب امنیتی ساخته شده بود و در کنار سریال‌های طنز و عاشقانه دیگر شبکه‌ها دارای مخاطب بالای ۵۰ درصد است و تاکنون بالاترین نصاب بیننده و رضایت در سریال‌های پلیسی و امنیتی را به نام خود ثبت کرده است. پرده برداری از شیطنت‌های انگلیس در ایران و موضوعات ویژه باعث شد این سریال توجه بسیاری از مردم را کسب کند.
با توصیف‌های سریال از این شخصیت‌ها، فضای شبکه‌های مجازی ایران به مشابهت‌سازی‌های زیادی بین اسامی و کنایه‌های سریال با مذاکره‌کنندگان هسته‌ای ایران سوق داده و دوباره صدای اعتراض برخی مقامات دولتی بلند شد.
فشارهای دولت مانع پخش «گاندو» شد؟
برخی رسانه‌ها نوشتند: «طبق شنیده ها، یکی از اعضای رده بالای دولت در تماس با صداوسیما، مانع پخش آن شده و درخواست داشته کلمه «تیم مذاکره کننده» در سریال نیاید. در نهایت این سریال با تاخیر حدود ۴۵ دقیقه‌ای روانه آنتن شد و این در حالی است که بخش‌هایی که کلمه «تیم مذاکره کننده» استفاده شده بود، تغییر یافته و لغت تیم از دیالوگ‌ها حذف شده بود.»
فصل دوم سریال پربیننده «گاندو» به قسمت‌های مهمی رسیده بود. قسمت‌هایی که قرار بود گویا یک جاسوس انگلیسی وارد ایران شود. اما چند روز قبل ظریف در کلاب هاوس به شدت به سریال گاندو ۲ تاخت و مدعی شد این سریال از ابتدا تا انتها دروغ و افتراست.
واکنش تهیه کننده «گاندو۲» به ناتمام ماندن سریال
سرانجام پخش سریال «گاندو۲» موقتا تمام شد و تهیه کننده سریال به صورت رسمی اعلام کرد: ما برای رسیدن به پخش نوروز به خاطر درخواست‌های زیاد مردم و پاسخ دادن به نیاز مخاطب در شرایط سخت کرونایی و با تلاش یک گروه دویست نفری سعی کردیم سریال را برای پخش در نوروز آماده کنیم که پخش در قسمت سیزدهم سریال موقتا به اتمام خواهد رسید. امیدواریم در آینده‌ای نزدیک، ادامه سریال «گاندو»، بدون هیج گونه ملاحظه‌ای روی آنتن برود».∎