از زمان ترور شهید فخری‌زاده تاکنون برخی کشورها از جمله آفریقای‌جنوبی، سوئیس، ونزوئلا، ترکیه، آذربایجان، سوریه، عراق، عمان، چین و چند کشور دیگر این اقدام را محکوم و برخی چون آلمان و انگلیس بدون اینکه محکوم کنند، خواستار پرهیز از تشدید تنش‌‌ها شده و گفته‌اند که منتظر تکمیل حقایق در این زمینه هستند.
روز گذشته نیز احمدناصر المحمدالصباح، وزیر‌امور خارجه کویت در تماس تلفنی با محمدجواد ظریف، وزیر امور خارجه کشورمان، اقدام تروریستی اخیر و به‌شهادت‌رساندن محسن فخری‌زاده، دانشمند برجسته هسته‌ای و دفاعی ایران را محکوم کرد. وزیر خارجه کویت در این تماس تلفنی مراتب تسلیت دولت کویت را به دولت و ملت ایران اعلام کرد.
«هوآ چون‌یینگ»، سخنگوی وزارت امور خارجه چین نیز در اظهاراتی به ترور «شهید محسن فخری‌زاده» واکنش نشان داد و گفت: «چین از ترور دانشمند ایرانی، محسن فخری‌زاده شوکه شد و این جنایت خشونت‌آمیز را محکوم می‌کند.» همچنین ریاست منطقه کردستان عراق هم روز گذشته ترور دانشمند هسته‌ای و دفاعی جمهوری اسلامی ایران را محکوم کرد. در بیانیه ریاست منطقه کردستان عراق که نسخه‌ای از آن در پایگاه خبری عراقی، «ناس»، منتشر شد، آمده است: «ما ترور دانشمند هسته‌ای ایرانی را محکوم می‌کنیم و به ملت و دولت ایران و خانواده فخری‌زاده تسلیت می‌گوییم.» پیش از آن نیز «فؤاد حسین» وزیر امور خارجه عراق در تماس تلفنی با همتای ایرانی خود، ترور شهید فخری‌زاده را به وی تسلیت گفت. اما در ادامه موج محکومیت‌ها و ابراز انزجار‌کردن چهره‌های جهانی از ترور شهید «محسن فخری‌زاده» دانشمند هسته‌ای و دفاعی جمهوری اسلامی ایران، «ایگنازیو کاسیس» وزیر امور خارجه سوئیس نیز این جنایت تروریستی را محکوم کرد. کاسیس روز گذشته در مصاحبه با شبکه صهیونیستی «کان‌نیوز»، گفت: «ابتدا می‌خواهم هر اقدام خشونت‌بار از جمله این ترور (شهید فخری‌زاده) را محکوم کنم و اینکه ما از همه طرف‌ها می‌خواهیم از هر نوع اقدام خشونت‌بار آتی اجتناب کنند.» وی با تاکید بر لزوم کاهش تنش در این موضوع، افزود:‌ «هر اقدامی برای تنش‌زدایی از این وضعیت باید مورد حمایت قرار‌بگیرد و ما آماده‌ایم که به حمایت از این اقدامات بپردازیم.» اردن هم ترور «محسن فخری‌زاده» دانشمند هسته‌ای ایران را محکوم کرد. اردن همچنین خواستار تلاش‌های جمعی برای جلوگیری از تشدید تنش در منطقه خاورمیانه شد. همچنین وزارت خارجه و همکاری بین‌المللی امارات شامگاه روز یکشنبه طی بیانیه‌ای جنایت ترور شهید «محسن فخری‌زاده» را محکوم کرد. در بیانیه وزارت خارجه امارات آمده است: «درحالی که منطقه ما با بی‌ثباتی و چالش‌های امنیتی مواجه است، این شرایط ما را به سوی همکاری برای جلوگیری از اقداماتی سوق می‌دهد که باعث تشدید تهدید ثبات کل منطقه می‌شود.» در این بیانیه تاکید شده است: «دولت امارات با توجه به اعتقاد راسخ خود درباره ضرورت پایبندی به ثبات در منطقه، جنایت ترور ننگین آقای محسن فخری‌زاده را که این موضوع می‌تواند به درگیری در منطقه دامن بزند، محکوم می‌کند.»
وزارت امور خارجه روسیه نیز روز دوشنبه طی بیانیه‌ای تأکید کرد:  «فدراسیون روسیه ترور فیزیکدان هسته‌ای ایرانی را به‌شدت محکوم می‌کند. هرکسی که پشت این ترور باشد و تلاش کرده باشد که از این شیوه برای دستیابی به منافع سیاسی خود استفاده کند، باید در قبال آن پاسخگو نگه داشته شود.» در ادامه این بیانیه آمده است: «با وجود شرایطی که پس از ترور دانشمند هسته‌ای [شهید] محسن فخری‌زاده در ایران ایجاد شده است، فدراسیون روسیه از همه طرف‌ها می‌خواهد که از اقداماتی که می‌تواند منجر به تشدید تنش‌ها در خاورمیانه شود، اجتناب کنند.»