آیت الله سید ابراهیم رئیسی در پی ترور شهید محسن فخری زاده رئیس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع با انتشار پیامی ضمن تسلیت شهادت این دانشمند فرهیخته نوشت:
بسم الله الرحمن الرّحیم
مِنَ المُؤمِنینَ رِجالٌ صَدَقوا ما عاهَدُوا اللَّهَ عَلَیهِ ۖ فَمِنهُم مَن قَضىٰ نَحبَهُ وَمِنهُم مَن یَنتَظِرُ ۖ وَما بَدَّلوا تَبدیلًا
بار دیگر دست جنایتکار عناصر خود فروخته و وابسته به بیگانگان و صهیونیسم بین‌المللی با هدف شوم مقابله با پیشرفت‌های علمی کشور، یکی از چهره‌های برجسته و مدیران و دانشمندان ایران اسلامی را آماج حملات تروریستی قرار داده و به شهادت رساندند.
استاد و مجاهد شهید «محسن فخری زاده» در دوران دفاع مقدس، در کسوت پاسداری از کشور و انقلاب اسلامی، جان خویش را در طبق اخلاص گذاشته بود و پس از آن با بهره‌گیری از نبوغ و استعداد‌های خدادادی وارد عرصه‌های علمی و پژوهشی کشور شد و باعث رشد و بالندگی ایران اسلامی در عرصه‌های علم و فناوری و دانش هسته‌ای گردید؛ و اکنون شهادت او قطعا رونق بیشتری به دستاورد‌های علمی کشور خواهد بخشید.
اینجانب، شهادت این دانشمند فرهیخته و مدیر برجسته را به رهبر معظم انقلاب اسلامی و همرزمان و همسنگران ایشان در دفاع مقدس و جهاد علمی، به خانواده ایشان تبریک و تسلیت عرض می‌نمایم.
ار آنجا که بروز این حوادث ناگوار و از دست دادن مجاهدان علم و عمل، برای جامعه ما ضایعه‌ای غم‌انگیز و جبران ناپذیر بوده و اقدام انجام شده، یک جنایت بزرگ محسوب و تکرار چنین حوادثی به هیچ عنوان قابل قبول و تحمل نمی‌باشد، دستگاه‌های اطلاعاتی و امنیتی و مراجع قضایی ذیربط، موظفند در اسرع وقت و با بکارگیری تمام توان اطلاعاتی در جهت شناسایی و دستگیری عناصر مزدور و جنایتکار، اقدام و کلیه دست اندرکاران این جنایت اعم از عامران، طراحان و مباشران، مورد محاکمه قرار گرفته و به سزای اعمالشان برسند.