در ادامه جلسه علنی روز یکشنبه مجلس شورای اسلامی، فصل ساختار سازمانی مالیات بر ارزش‌افزوده، وظایف و اختیارات آن به تصویب رسید.

بر اساس ماده ۲۵ مقرر شد، پس از استقرار سامانه مؤدیان، فعال بودن کارپوشه مؤدی در سامانه مزبور به این معنی است که او از نظر سازمان، شرأیط لازم برای دریافت مالیات از خریداران را دارد.

در صورتی که مؤدی شرأیط لازم برای دریافت مالیات را از دست بدهد، سازمان موظف است بلافاصله کارپوشه وی را در سامانه مؤدیان غیرفعال کند. بانک مرکزی موظف است ترتیبی اتخاذ کند که به محض غیرفعال شدن کارپوشه مؤدی در سامانه مؤدیان، کلیه دستگاه‌های پایانه فروشگاهی (pos) مرتبط با آن، غیرفعال شوند

بر اساس تبصره این ماده، غیرفعال کردن کارپوشه مؤدی باید مستند به آیین نامه‌ای باشد که حداکثر ظرف مدت سه‌ماه پس از ابلاغ این قانون، با پیشنهاد سازمان به تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌رسد.

وکلای ملت با تصویب ماده ۲۶، سازمان امور مالیاتی را مکلف کردند ظرف مدت سه‌ماه از تاریخ ابلاغ این قانون به منظور فراهم کردن زمینه تحقق اهداف و مأموریت‌های سازمان و ارتقای سطح انگیزش کارکنان و اجرای صحیح و به موقع قوانین و مقررات مالیاتی، نسبت به تهیه آیین‌نامه اداری، مالی، استخدامی و تشکیلاتی خود اقدام کند و با پیشنهاد مشترک وزارت امور اقتصادی و دارایی و سازمان امور اداری و استخدامی کشور، پس از تصویب هیأت وزیران اجراء نماید.

سازمان در موارد یاد شده از شمول قوانین و مقررات عمومی دولت مستثنی است. بودجه سازمان و واحدهای استانی ذیربط هرسال به صورت متمرکز ‌در ردیف جداگانه‌ای در قوانین بودجه منظور و به طور صددرصد (۱۰۰%) ‏تخصیص یافته تلقی می‌شود و جهت انجام هزینه‌های جاری و تملک دارایی‌های سرمایه‌ای ‏ستاد و واحدهای استانی در اختیار سازمان قرار داده می‌شود.

طبق ۲۷ مواد ‏‏(۱۶۱)، (۱۶۲)، (۱۶۷)، (۱۶۹) مکرر، (۱۷۱)، تبصره (۱) ماده (۱۷۷)، (۱۷۸)، (۱۸۲)، ‏‏(۱۸۶) و تبصره (۱) آن، (۱۹۱)، (۱۹۸)، (۲۰۲)، احکام مربوط به فصل هشتم باب چهارم و مواد (۲۱۰) تا (۲۱۶)، (۲۱۸)، (۲۱۹)، (۲۳۱)، (۲۳۲)، (۲۳۵)، (۲۳۸)، (۲۳۹)، (۲۴۲)، (۲۴۳)، احکام مربوط به فصل سوم باب پنجم، مواد (۲۵۷)، (۲۷۴) منهای بند (۳) آن، (۲۷۵)، (۲۷۶)، (۲۷۷) و (۲۷۹) قانون ‏مالیات‌های مستقیم در مورد مالیات‌های این ‏قانون جاری است.

احکام مربوط به درآمد مشمول مالیات در مواد فوق، در مورد محاسبه مأخذ مالیات بر ارزش افزوده نیز جاری است.

بر اساس تبصره ۱ این ماده شناسایی، تشخیص درآمد مشمول مالیات و رسیدگی موضوع ماده (۲۱۹) قانون مالیات‌های مستقیم در مورد مؤدیان قابل اعتماد موضوع قانون پایانه های فروشگاهی و سامانه مؤدیان جاری نمی‌باشد.

این حکم شامل مواردی که سازمان براساس ماده (۱۴) این قانون و تبصره (۱) ماده (۱۹) قانون پایانه های فروشگاهی و سامانه مؤدیان اجازه رسیدگی به اظهارنامه های مالیاتی مؤدیان را دارد، نمی‌باشد. در هر صورت مفاد ماده(۲۱۹) قانون مالیات‌های مستقیم نباید مانع اجرای احکام موضوع قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان شود.

همچنین طبق تبصره ۲ در خصوص مودیان عضو سامانه مودیان، سازمان مکلف است اوراق ابلاغ شده به مؤدی را در کارپوشه وی نیز بارگذاری نماید.

علاوه بر این طبق تبصره ۳ به منظور رسیدگی به پرونده­ های قابل طرح این قانون در شورای عالی مالیاتی، تعداد شعب شورای مذکور به دو برابر افزایش می­ یابد.

همچنین بر اساس بند (ب): در صورت عدم عضویت مؤدیان در سامانه مؤدیان مواد (۹۷)، (۱۶۹)، (۱۸۱)، (۲۳۰) و بند (۳) ماده (۲۷۴) قانون مالیات‌های مستقیم در مورد مالیات‌های این قانون، جاری است.

علاوه بر این طبق تبصره ماده (۲۷۲) قانون مالیات های مستقیم و تبصره های آن تا قبل از اتمام مهلت مقرر در ماده (۳) قانون پایانه های فروشگاهی و سامانه مؤدیان، در مورد مالیات‌های این قانون جاری است.