سیده‌فاطمه خاتمی فرزند آیت‌ا... خاتمی به علت بیماری سرطان درگذشت. او مادر شهید و از فعالان فرهنگی و قرآنی به شمار می‌رفت. در پی درگذشت مرحومه سیده‌فاطمه خاتمی آیت‌ا... هاشمی رئیس‌مجمع تشخیص مصلحت نظام و دکتر روحانی رئیس‌جمهوری پیامی خطاب به رئیس‌دولتهای هفتم و هشتم صادر کردند. متن پیام روحانی به این شرح است: انالله و انا الیه راجعون،  درگذشت بانوی ارجمند خانم «فاطمه سادات خاتمی»، خواهر مؤمنه و فاضله آن جناب موجب تاسف و تالم خاطر گردید. اینجانب مصیبت وارده را به جنابعالی؛ خاندان معزز و همه بستگان و ارادتمندان بیت شریف مرحوم آیت‌ا... «سید روح‌ا... خاتمی» تسلیت و تعزیت می گویم و از خداوند متعال برای همه بازماندگان، صبر و اجر نیکو و برای آن مرحومه که با فداکاری و تقدیم شهیدی برومند، سهمی گرانقدر در بارور نمودن آرمان های انقلاب اسلامی ایران ایفا نمود، رحمت و مغفرت بی کران الهی را مسئلت می‌نمایم. همچنین فرزند ارشد نماینده اسبق امام(س) در یزد، حجت‌الاسلام و المسلمین سیدحسن خمینی پیام تسلیتی صادر کرد. در این پیام خطاب به خانواده خاتمی آمده است: «ضایعه مولمه درگذشت مادر شهید سعید حاجیه خانم سیده فاطمه خاتمی را خدمت جنابعالی، مادرگرامی و بزرگوارتان و اخوان و خواهران گرامی و همچنین خدمت بیت آیت‌ا... خاتمی قدس‌سره الشریف تسلیت عرض نموده از خداوند متعال علو درجات ایشان و دوام توفیقات و طول عمر با عزت و سربلندی برای جنابعالی مسئلت دارم.» محمدرضا عارف هم در پیامی به خانم سکینه ضیایی درگذشت فرزند وی، سیده فاطمه خاتمی را تسلیت گفت. متن این پیام بدین شرح است: «عروج دخت فاضله و مومنه جنابعالی خانم سیده فاطمه خاتمی موجی از حزن و اندوه بر قلوب دوستداران جنابعالی و ایشان مستولی کرد. اگرچه رحلت عزیزان، دردی جانسوز اما برای آنان که ایمانی راسخ و دلی امیدوار به الطاف حضرت حق دارند، آزمون بزرگی از بصیرت و دینداری است. ضمن تقدیم ارادت خالصانه به محضر جنابعالی و خاندان گرانقدر خاتمی و خلیلی اردکانی، علو درجات آن مرحومه را از خداوند متعال خواستارم.» استاندار یزد هم در پیامی وفات سیده فاطمه خاتمی را تسلیت گفت.

 دلنوشته خواهر برای فاطمه خاتمی

یزدی‌نیوز نوشت؛ چندی پیش خواهر او، سیده مریم خاتمی و همسر امام جمعه فقید یزد در یادداشتی در شخصیت او چنین نوشت: «حتی دختر بزرگ آیت‌ا... سیدروح‌ا... خاتمی بودن نیز باعث نشده تا خواهر رئیس‌جمهور اسبق ایران، گرفتار غرور کاذب شود، و دست از تلاش بکشد و کار نکند! هیچگاه به دنبال و در جست‌وجوی پست و منصب سیاسی نبود، سهمی هم از انقلاب و جنگ نمی‌خواست. خیاطی، برش‌های دقیق هنرمندانه و اینک بافتنی‌های زیبا در بستر بیماری شدید و در تخت بیمارستان و هنگامه دست و پنجه نرم کردن با بیماری کشنده و پیشرفت‌کرده سرطان! دست‌های چروکیده و بیمار «مادر شهید حسن خلیلی» هنوز هم با هنرمندی، بر کامواها، جان و روح و زیبایی می‌بخشد، بافتنی‌های زیبایی که مدام اهداء گشته و دست به دست می‌شود؛ و اما در هنگامه دعواهای سیاسی و جناحی، اینگونه بودن‌ها، و این زندگی‌های هنرمندانه و صادقانه و مردمی، مورد تقلید و الگوی دختران نسل امروز قرار نمی‌گیرد! دوره و زمانه‌ای بود که دختران ایرانی، دختران یزدی و اردکانی، هنر داشتند، هنرها را از مادرانشان یاد می‌گرفتند؛ و به قول قدیمی‌ها، از سر هر پنجه انگشتشان هنری می‌بارید، و اما امروز هنر نیز رنگ و معنای خود را از دست داده است! و بسیاری، تنها هنری که دارند، پول خرج کردن و پیامک فرستادن است! به احترام مادر شهید حسن خلیلی، دختر سیدروح‌ا... خاتمی و انسانی که سال‌ها با سرطان مبارزه کرد و حتی وقتی نفس کشیدن هم برایش مشکل بود، انگشتانش برای کار از حرکت باز نایستاد، یک لحظه از جا برخیزیم و بایستیم، اینها آخرین نشانه‌های صداقت و اخلاق است، که روزی به خاطره‌ها خواهد پیوست!  کسی که الان در بستر بیمارى است و با مرگ دست و پنجه نرم می‌کند، از همان اوان کودکى، لحظه‌اى وقتش را بیهوده تلف نکرده، و از هوش واستعداد خدادادی‌اش در راه تحصیل علم و دانش و مطالعه و کلاس قرآن و اخلاق استفاده کرده است. همو که شبیه‌ترین کس از نظر صفات و رفتار به پدرش بود. او که محبوب هرکس که اورا می‌شناخت بود، از هرگونه ریا و خودپرستى پرهیز داشت. هرگز دنبال نام نبود. صادقانه در راه خدا و خدمت به خلق خدا می‌کوشید، هیچ‌گاه از شهیدش استفاده ابزارى نمی‌کرد، همیشه شاکر الطاف خدایش بود حتى در سخت‌ترین لحظات زندگى و در اوج بیماری‌اش، اکنون روح بزرگش آماده پر کشیدن به سوى محبوبش است و به لقاءا... می‌پیوندد، او می‌رود و ما می‌مانیم. مایی که دست به این زندگى پوچ زده‌ایم و همه چیز را در بزرگ‌بینى و خودخواهى خودمان خلاصه کرده‌ایم، او می‌رود و یتیمان چشم‌انتظارش، مستضعفان تحت پوشش‌اش، کسانی که با مشورت با او گره مشکلاتشان گشوده می‌شد، تنها می‌مانند و... بگذار تا ببینمش اکنون که می‌رود/ اى اشک از چه راه تماشا گرفته‌اى!؟» 

 زمان و مکان خاکسپاری پیکر سیده‌فاطمه خاتمی

بیت آیت‌ا... خاتمی در اطلاعیه‌ای مراسم تشییع، خاکسپاری و گرامیداشت مرحومه سیده فاطمه خاتمی را اعلام کرد. در این اطلاعیه آمده است:  «مراسم تشییع و خاکسپاری سیده فاطمه خاتمی، دختر آیت‌ا... روح‌ا... خاتمی یکشنبه سوم اسفندماه (امروز) ساعت 15 در شهر اردکان و همچنین مراسم بزرگداشت این بانوی فرهیخته بعد از نماز مغرب و عشا در مصلای این شهر برگزار می‌شود. روز دوشنبه صبح نیز مراسم سوم سیده فاطمه خاتمی در مسجد حظیره یزد بر پا خواهد شد. آیین گرامیداشت فرزند آیت‌ا... خاتمی چهارشنبه شب نیز از ساعت 18:30 تا 20 در مسجد جامع شهرک غرب تهران برگزار می‌شود.