حسین خنیفر در سال ۱۳۴۸ در شهرستان شوش دانیال در استان خوزستان به دنیا آمد. وی پس از طی دوره متوسطه در دبیرستان شهید مطهری وارد مرکز تربیت معلم بوشهر شد و سپس تحصیلات خود را در دانشکده روانشناسی و علوم تربیتی دانشگاه تهران در مقطع کارشناسی آغاز کرد و در نهایت با مدرک دکتری مدیریت و برنامه‌ریزی در تهران فارغ‌التحصیل شد و به طور هم‌زمان تحصیلات حوزوی خود را نیز به صورت متفرقه کامل کرد.
خنیفر پس از ۱۸ سال خدمت در آموزش و پرورش در سال ۱۳۸۳ به عنوان استادیار در دانشگاه تهران پذیرفته شد و با توجه به انبوه کتب و مقالات منتشره توانست در عرض ۳ سال به درجه دانشیاری و عضویت هیأت علمی (رسمی- قطعی) این دانشگاه نائل شود و در سال 1392 به درجه استاد تمامی نائل آمد.
سوابق اجرایی و آموزشی: عضو هیأت علمی دانشگاه تهران در رشته مدیریت، عضو هیأت ممیزه دانشگاه تهران (2 دوره به مدت 4 سال)، عضو کمیسیون علوم رفتاری دانشگاه تهران، عضو کمیسیون علوم انسانی دانشگاه تهران، عضو کارگروه تدوین سند مالی نظام آموزش و تربیت، شورای آموزشی دانشگاه جامع علمی ـ کاربردی، شورای آموزش و پژوهش مرکز آموزش مدیریت دولتی استان قم، کمیته آمایش رشته‌ها در دانشگاه تهران، ریاست مرکز کارآفرینی پردیس فارابی، ریاست دانشکده مدیریت پردیس فارابی، تدریس در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکتری در دانشگاه تهران.