اظهارات و نامه اخیر علی مطهری به پورمحمدی وزیر دادگستری مبنی بر ارائه توضیحات لازم ، شفاف و روشن در خصوص فایل صوتی منتشر شده از آیت‌الله منتظری ، حاشیه هایی را برای وی در خانه ملت به وجود اورد.
در نشست علنی روز یکشنبه مجلس، ابتدا محسن کوهکن بود که از نایب رییس مجلس خواست تا ازحاشیه سازی بپرهیزد، این نماینده مردم لنجان، خطاب به مطهری گفت: تا زمانی که به عنوان نایب رئیس مجلس حضور دارید، از هر گونه نامه و نطق‌هایی که با اولویت‌های جامعه در تناقض است، خوداری کنید. زیبنده اعضای هیات رئیسه نیست که نامه‌ای بنویسند و یا مطالبی بگویند که خوراک تبلیغاتی برای بیگانگان درست می‌کند.
وی در عین حال تصریح کرد: شما را متهم نمی‌کنم، اما انتظار داریم طوری بگویید و به شکلی بنویسید که دشمنان انقلاب چنین برداشت‌هایی را نکنند. در پاسخ به من هم نگویید بروید نامه را مطالعه کنید. بنده عرض می‌کنم تدبیر یک رئیس که شأن او در حدی بوده که عضو هیات رئیسه مجلس بوده، این است که برخی موضوعات را رعایت کند.
در ادامه علی مطهری نایب رئیس مجلس که در غیاب لاریجانی ریاست جلسه را برعهده داشت، در پاسخ به این تذکر گفت: اولا برخلاف آنچه که فرمودید که نگویید که نامه را بخوانید، روشن است که شما نامه را نخوانده‌اید و ان شاء الله حتما نامه را ببینید.
مطهری ادامه داد: اینکه مسائل را با هم مخلوط کنید درست نیست. هر وقت به مسائل فرهنگی می‌پردازیم می‌گویید این همه مشکل اقتصادی داریم، چرا به این مسئله می‌پردازید؟ هر مسئله‌ای باید در جای خود حل شود، نباید فقط یک بُعد جامعه را در نظر گرفت.امام زیر سوال نرفته است، در مورد نحوه اجرای حکم امام (ره) بوده که اگر کوتاهی صورت گرفته است، افراد پاسخ دهند.
نماینده مردم تهران اظهار داشت: در خیلی موارد حتی دستورات مقام معظم رهبری  و امام (ره) نیز مورد تمجید رسانه‌های بیگانه قرار گرفته است. زمانی که منشور هشت‌گانه امام (ره) به تصویب رسید، تا یک هفته رسانه‌های بیگانه از امام (ره) تمجید می‌کردند. این دلیل نمی‌شود که امام (ره) مخالف انقلاب بوده است.مسئله نایب رئیسی هیچ ربطی ندارد که ما حرف حق را نزنیم. در موقع اداره جلسه ممکن است ملاحظاتی باشد، اما در هر جایی هر نماینده‌ای آزاد است که نظرات خود را بگوید.
این اظهارات اما نه تنها فریادهای اعتراض آمیز کوهکن را قطع نکرد بلکه کریمی قدوسی را مقابل جایگاه هیئت رییسه کشاند .وی خطاب به مطهری گفت: بار آخر باشد این کارها را می‌کنی .
 محمدعلی پورمختار نیز که در همین هنگام، شعار» مرگ بر منافق» را سر می داد ، در حاشیه جلسه علنی از ارسال نامه ۳۰ نماینده به هیئت ناظر خبر داد که در آن خواستار بررسی صلاحیت علی مطهری به عنوان نایب رییس مجلس شده بودند.
به گفته پور مختار، این نامه  به هیات ناظر در ماده ۲۶ آیین نامه داخلی مجلس(هیات رسیدگی به اعتراضات مرکب از روسای کمیسیون های تخصصی و اعضای کمیسیون تدوین آیین نامه داخلی مجلس) نوشته شده است.