حجت‌الاسلام غروی، استاد حوزه و دانشگاه، گفته است که مرحوم آیت‌الله مهدوی‌کنی بیشتر به قالیباف و ولایتی برای انتخابات ریاست‌جمهوری 92 اعتقاد داشت و معتقد به این بود که سعید جلیلی در حد ریاست‌جمهوری نیست. به گزارش انتخاب، او گفته است: «هنوز ما برآورد کاملی از شخصیت این آقا [جلیلی] نداریم، نه‌تنها من، بلکه خیلی از افراد چنین برداشتی دارند. بنابر گفته بعضی از بزرگان، ایشان در حدی نیست که بتواند مدیریت کلان را در سطح کشور داشته باشد و مدیریت کند. با اینکه آقای سعید جلیلی از دانش‌آموختگان دانشگاه امام‌صادق(ع) است، ولی مرحوم آیت‌الله مهدوی‌کنی اصلا معتقد نبود که آقای جلیلی می‌تواند مدیریتی در سطح کلان در حد ریاست‌جمهوری را عهده‌دار شود، بنابراین همان‌موقع جامعه روحانیت مبارز نظرش معطوف به آقای جلیلی نبود. آقای جلیلی را پایداری‌ها علم و مطرح کردند، ولی روحانیت مبارز که در رأس آن مرحوم آیت‌الله مهدوی‌کنی بود، نظرش بیشتر معطوف به آقای قالیباف و آقای ولایتی بود»، اما آن‌طور که از اخبار برمی‌آید به نظر می‌رسد نظر آیت‌الله مهدوی‌کنی نه ولایتی که فقط قالیباف بوده است تا جایی که ایشان سه روز قبل از ایام انتخابات، نامه‌ای به علی‌اکبر ولایتی، یکی از اعضای ائتلاف موسوم به سه‌گانه اصولگرایان، نوشته و به صورت ضمنی خواستار انصراف او از کاندیداتوری انتخابات ریاست‌جمهوری شده بود. به گزارش عصرایران، در ایام انتخابات، زمزمه‌هایی مبنی‌بر درخواست آیت‌الله مهدوی‌کنی از ولایتی برای انصراف از انتخابات ریاست‌جمهوری مطرح و گفته می‌شد ولایتی برای پاسخ‌ندادن به این درخواست‌ها، موبایل خود را خاموش کرده است. حجت‌الاسلام میرلوحی، مسئول دفتر آیت‌الله مهدوی‌کنی، هم در این‌باره گفته است: «آیت‌الله برای اینکه نظر خاتمه‌دهنده را ارائه بدهند، چندبار تماس گرفته بودند و به‌ناچار نامه هم نوشتند، اما آقای ولایتی توصیه‌ها را نپذیرفتند. من حتی خودم هم صحبت کردم، اما آقایان قطع کردند و بعد به پیغام‌ها و تماس‌های ما هم جواب ندادند، اما اینکه چه‌چیزی باعث شد ایشان امتناع کنند باید خودشان پاسخ بدهند. حالا اطرافیان یا مشاوران تأثیر داشتند، من اطلاعی ندارم».