صاحب‌خبر - ادیب- تغییر ریاست ستاد کل نیروهای مسلح به عنوان بالاترین و عالی ترین مرجع نظامی نیروهای مسلح در جمهوری اسلامی ایران این سوال را به وجود آورد که این مجموعه چه وظایفی داشته و همچنین چه روندی را طی کرده تا به این ساختار رسیده است.ماجرای تأسیس این مجموعه را باید از ابتدای انقلاب دنبال کرد. جایی که در ابتدای انقلاب به لحاظ برخی مشکلات نظیر هرج و مرج‌های داخلی و توطئه‌های خارجی و نبودن قانون مصوب نمایندگان مردم، امام خمینی کار فرماندهی کل قوا را شخصاً بر عهده گرفتند و برای تنظیم امور، دستورهایی صادر کردند. ایشان در سال ۱۳۵۸ به علت مسئولیت‌های زیاد و کسالتی که در این مدت برای ایشان عارض شده بود و همچنین افزایش تحرکات نظامی ضدانقلاب، دستور تشکیل «ستاد فرماندهی کل قوا» را صادر کردند و شورایی 3 نفره مرکب از آقایان آیات خامنه ای، موسوی اردبیلی و هاشمی رفسنجانی را مأمور کردند تا اقدامات لازم جهت تشکیل ستاد فرماندهی کل قوا را فراهم آورند. این شورا بعد از بررسی و بحث و گفت وگوهای زیاد، به دلایلی از جمله انتظارات مردم از رئیس جمهور و همچنین لزوم انسجام امور که در آن برهه بیش از همیشه مورد نیاز بود، بنی صدر را به جانشینی فرمانده کل قوا پیشنهاد داد و امام خمینی (ره) این نظر شورا را تأیید کردند. تفویض اختیارات از سوی امام به هاشمی رفسنجانی در ادامه و پس از برکناری بنی‌صدر از ریاست، مقام جانشینی فرماندهی کل قوا از طرف امام به آیت‌ا...هاشمی رفسنجانی تفویض شد اما همچنان ساختاری با نام «ستاد فرماندهی کل قوا» وجود نداشت. هاشمی در دوران جنگ به عنوان نماینده امام خمینی هماهنگی میان فرماندهان نظامی را انجام می‌داد و پس از مشورت با بیت امام خمینی و فرماندهان نظامی، تصمیمات کلان را تا انتهای جنگ ابلاغ می‌کرد. در اواخر جنگ با توجه به برخی اختلاف نظرها میان مسئولان درخصوص نحوه اداره جنگ، حضرت آیت ا... خامنه‌ای در نامه‌ای به امام خمینی خواستار تشکیل «ستاد فرماندهی کل قوا» شدند تا عنوانی که صرفاً در یک جانشینی خلاصه می‌شد، به یک تشکیلات برای مدیریت نیروهای نظامی بدل شود. استقبال امام از پیشنهاد رئیس جمهور وقت آیت ا... خامنه‌ای رئیس جمهور وقت در نامه خود به امام راحل پیشنهادهای متعددی ارائه کرد از جمله این که «کلیه امور مربوط به نیروهای مسلح، ارتش، سپاه، ژاندارمری اعم از عملیات، پشتیبانی، امور سازمانی و اداری و غیره به شخص واحدی مفوض و محول گردد... با توجه به همۀ جوانب، به نظر اینجانب، تنها فرد مناسب برای تصدی این مسئولیت مهم، جناب آقای هاشمی رفسنجانی است.» امام خمینی در پاسخ به این درخواست آیت ا... خامنه ای در دوازدهم خرداد ۱۳۶۷، در نامه‌ای هاشمی رفسنجانی را «با تمام اختیارات به جانشینی فرماندهی کل قوا» منصوب نمودند و اموری 7 گانه از جمله «ایجاد ستاد فرماندهی کل تا تهیۀ زمینۀ وحدت کامل» را بر عهده وی قرار دادند. یک ماه بعد در مرحله بعد (در هفتم تیرماه) نخست وزیر لیستی را برای تعیین اعضای ستاد کل ارسال می کند که با تغییراتی از سوی هاشمی به تصویب می رسد.این ساختار تا پس از پایان جنگ و تغییرات رخ داده در قانون اساسی پابرجا ماند، تا اینکه «ستاد فرماندهی کل قوا» در ۲۵ دی ۱۳۷۰ به «ستاد کل نیروهای مسلح» تغییر نام داد و با حذف پست نخست وزیر در اصلاحیه قانون اساسی سال ۱۳۶۸، تعیین رئیس ستاد کل نیروهای مسلح در ذیل اختیارات رهبری قرار گرفت. از آن زمان، سردار سرلشکر سید حسن فیروزآبادی از سوی فرمانده معظم کل قوا به سمت ریاست ستاد منصوب گردید و وظیفۀ هماهنگی کلیه نیروهای مسلح را بر عهده داشت تا این که هفته پیش سرلشکر محمد باقری جانشین وی شد. این ستاد وظایفی بر عهده دارد. از جمله می توان به موارد زیر اشاره کرد؛ بررسی و تنظیم سیاست‌ها و برنامه‌های بلندمدت به منظور ایجاد یکنواختی و همگون‌سازی در تمامی زمینه‌های آموزشی، سازماندهی، لجستیکی، پرسنلی و اطلاعاتی، عملیاتی در نیروهای مسلح، دریافت بودجه‌های سالیانه‌ ارتش و سپاه و بررسی و انطباق برآوردهای به عمل آمده با تدابیر و برنامه‌های مصوب دفاعی و سیاست‌های مالی دولت و تهیه‌ی بودجه‌ کل و تقدیم آن به فرماندهی کل قوا و پس از تصویب، ابلاغ به وزارت دفاع و نظارت بر حسن تحصیل و اجرای بودجه‌ نیروهای مسلح، همکاری با مراجع ذی‌ربط در زمینه‌ قوانین و روابط بین‌المللی نظامی و قراردادهای دفاعی، اعلام کشورهای مورد نظر برای اعزام وابسته‌های نظامی به ارتش و سپاه و همکاری با شورای عالی امنیت ملی در انجام وظایف آن با کسب نظرات ارتش و سپاه. تحلیل از اندیشکده آمریکایی آمریکن اینترپرایز همچنین به گزارش سایت فردا، اندیشکده «آمریکن اینترپرایز» در گزارشی پیرامون انتصاب سرلشکر باقری به ریاست ستاد مشترک نیروهای مسلح این اقدام را گامی در جهت افزایش قدرت نظامی و آغاز دور جدیدی از تحرکات نظامی ایران دانسته است. از نظر این اندیشکده انتصاب سردار باقری می تواند موجب هماهنگی بیشتر نیروهای مسلح در عملیات های برون مرزی شود. این اندیشکده این طور تحلیل کرده است که «سپاه قدس پس از این حتما با پشتیبانی بیشتری از سوی ستادکل نیروهای مسلح روبه رو خواهد شد.»∎​