با وجود تلاش دولت برای فراهم شدن برگزاری انتخابات الکترونیک، شورای نگهبان رسما اعلام کرد که این امکان برای انتخابات اسفندماه وجود ندارد. «فقدان قانون و عدم وجود شرایط فنی» دلایلی است که نجا‌ت‌الله ابراهیمیان، عضو حقوقدان شورای نگهبان می‌گوید به خاطر آن، شورای نگهبان با برگزاری انتخابات الکترونیک مخالف است. دغدغه حسن روحانی، رئیس‌جمهوری بر برگزاری انتخابات به صورت شفاف زمانی وارد فاز عملیاتی شد که او در اولین همایش با استانداران و فرمانداران از لزوم شیشه‌ای شدن صندوق‌‌های رای سخن گفت و در همان جلسه تاکید کرد که دولتش برای برگزاری انتخابات به صورت شفاف هرقدر نیاز باشد هزینه می‌کند. اولین پاسخ به دغدغه رئیس دولت یازدهم از سوی سخنگوی شورای نگهبان مطرح شد. احمد جنتی با اظهار اینکه شیشه‌ای بودن صندوق انتخابات برخلاف محرمانه و محفوظ بودن آرای مردم است بنابراین صندوق‌های اخذ آرا نمی‌تواند شیشه‌ای باشد و همچنین با بیان اینکه مقدمات برگزاری الکترونیکی انتخابات مجلس فراهم نیست، به درخواست‌‌ها مبنی‌بر شفاف بودن صندوق‌های رای از یک‌سو و الکترونیکی شدن انتخابات از سوی دیگر پاسخ منفی داد.
با این حال وزارت کشور همزمان ساخت صندوق‌‌های شفاف و همچنین فراهم کردن مقدمات برگزاری انتخابات الکترونیک را در دستور کار قرار داد که درباره صندوق‌‌‌‌های رای توانست تا حدودی خواست رئیس‌جمهوری را برآورده کند. گرچه شورای نگهبان با شیشه‌ای شدن صندو‌ق‌‌های رای موافقت نکرد اما درنهایت صندوق‌‌های شفافی را که وزارت کشور سفارش ساخت آن را داده بود، مورد تایید قرار داد.
هفته گذشته بود که ایرادات شورای نگهبان به طرح «اصلاح موادی از قانون انتخابات» که بخشی از آن الکترونیک شدن انتخابات را شامل می‌شد، با تاکید بر اینکه جلوی انتخابات الکترونیکی را نخواهد گرفت از دستور کار صحن‌ علنی حذف شد. اما حالا همان مورد از دلایل حذف عنوان شده است. ابراهیمیان در ادامه دلایل عنوان کرده است: «براساس قانون‌ اساسی برگزاری انتخابات باید به ‌موجب قانون عادی باشد و با توجه به اینکه در سال جاری روش پیشنهادی برای برگزاری انتخابات به صورت الکترونیکی موضوع قانون خاصی قرار نگرفته بود تا فضای سنتی تبدیل به شرایط جدید الکترونیک شود، شرایط تقنینی که وزارت محترم کشور و دولت وعده آن را داده بودند، تحقق پیدا نکرد.»