حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران از قوه قضائیه و وزارت اطلاعات خواست تا با «قاطعیت کامل» حمله‌کنندگان به سفارت عربستان سعودی در تهران و کنسولگری این کشور در مشهد را شناسایی و به دستگاه قضائی بسپارند.
حسن روحانی ، امروز یکشنبه ۱۳ دی در پیامی به مناسبت اعدام روحانی شیعه شیخ نمر باقر النمر توسط حکومت عربستان سعودی ضمن آن‌که این اقدام را «غیرانسانی» و در راستای «سیاست‌های فرقه‌گرایانه و دامن زدن به تروریسم و افراط» دانست، به شدت حمله به سفارت عربستان در تهران و کنسولگری این کشور در مشهد را محکوم کرد.
ساختمان سفارت عربستان سعودی در تهران شامگاه روز گذشته، شنبه ۱۲ دی در واکنش به اعدام شیخ نمر باقر النمر به آتش کشیده شد. در مشهد نیز با این‌که تعداد زیادی از نیروهای انتظامی در برابر کنسولگری عربستان سعودی حضور داشتند گروهی با پرتاب سنگ و مواد آتش‌زا به آن حمله کردند.
رئیس جمهوری ایران حمله‌کنندگان به اماکن دیپلماتیک سعودی را «نیروهای خودسر» نامید و چنین اقداماتی را «غیرقانونی» و «هتک حیثیت نظام» خواند.
حسن روحانی گفت: «حرکتی که توسط جمعی افراد افراطی شب گذشته در تهران و مشهد صورت گرفت و به وارد آمدن خسارت به سفارت و کنسولگری کشور عربستان ـ که شرعاً و قانوناً باید در پناه جمهوری اسلامی ایران در امنیت باشد ـ منجر گردید، به هیچ عنوان قابل توجیه نیست و قبل از هر چیزی توهین به نظام و لطمه به آبروی جمهوری اسلامی ایران تلقی می‌شود.»
او گفت مسئولان نظام، «عزم قاطع» دارند که با این خودسری‌ها و اعمال مجرمانه برخورد جدی شود.
روحانی از وزیر کشور خواست که با همکاری قوه قضائیه و وزارت اطلاعات «با قاطعیت کامل، عاملان این تهاجم را شناسایی و برای اجرای عدالت به دستگاه قضائی معرفی کنند تا برای همیشه به این‌گونه اعمال زشت پایان داده شود و امنیت کامل نمایندگی‌های سیاسی دولت‌ها در جمهوری اسلامی ایران تضمین گردد.»
رئیس جمهوری ایران در حالی حمله به اماکن دیپلماتیک عربستان را محکوم کرده که علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی تاکنون در این‌باره اظهارنظری نکرده است.
خامنه‌ای ۹ ماه پس از حمله به سفارت بریتانیا در آذرماه ۱۳۹۰ در تهران، درباره این حمله گفته بود احساسات حمله‌کنندگان درست بود ولی رفتن‌شان به داخل سفارتخانه بریتانیا درست نبود.