آیا بهتر ازاین می‌توان ولایت مطلقه برای فقیه قائل بود؟ آیا این نظرات در صدر مشروطه ازسوی علما و روحانیت، به‌جز همان جمهوری اسلامی است که از یک سوی، فقیه دارای اختیارات شرعی است و از سوی دیگر در چهارچوب قوانین پذیرفته شده مورد توافق مردم،عمل می‌کند ودرچهارچوب مصلحت با رأی مردم،تولی امورمسلمانان را بر‌عهده می‌گیرد.البته آخوند خراسانی در حدود سال۱۳۱۸هجری قمری در حاشیه خود بر بخش بیع از کتاب «مکاسب» شیخ‌مرتضی انصاری، درباره ولایت فقیهان جامع‌الشرایط بر امور عامه بحث کرد و همچون استاد خود، شیخ‌مرتضی انصاری، دلالت روایات مورد ادعا بر این مسأله را نپذیرفت و حتی برخلاف نظر موافق شیخ انصاری نسبت به ولایت امضایی و غیراستقلالی فقها، آن را نیز به نقد کشید. تا این مرحله، آخوند خراسانی، موافق ولایت عامه فقیه نیست اما مرحله دیگری نیز وجود دارد که در آن جناب آخوند، مشروعیت تصرف فقیهان در امور عمومی را پذیرفته است.
آخوند خراسانی همچون برخی فقهای دیگر که ادله روایی را نمی‌پذیرند اما در مرحله بعد مشروعیت تصرفات عمومی را برای فقیه اثبات می‌کنند، به صراحت گفته است: «قدر متیقن[فقیه] از کسانی است که جایز است در مسائل عمومی تصرف کرده یا اذن بدهند، فقها هستند.»
ایشان پس از نقد دلالت روایات بر ولایت عامه فقها، نوشته است:«... لکن از این ادله (ادله روایی) می‌توان به دست آورد که فقیه، قدر متیقن از میان کسانی که احتمال داده می‌شود، مباشرت یا اذن و نظر آنها، معتبر در تصرفات باشد، همچنان که مومنین عادل در صورت فقدان فقیه، قدر متیقن از کسانی هستند که تصرفاتشان مشروعیت دارد...».
این عبارت نشان می‌دهد که از نظر آخوند خراسانی، مشروعیت تصرف،منحصر به فقیه است و تا زمانی که فقیه، موجود است، دیگران به هیچ عنوان به صورت مستقل، مشروعیت ندارند.با وجوداعتقاد آخوند خراسانی به مشروعیت حاکمیت سیاسی فقیهان، از آنجا که ایشان همچون علمای دیگر، در شرایط آن عصر به دلایل گوناگون، حاکمیت مستقیم فقها را عملی نمی‌دانست، به دنبال نظام جانشین وقدرمقدور بود تا مشکلات جامعه اسلامی ایران درحدامکان برطرف شود.ایشان مشکلات سیاسی و اجتماعی ایران درعصرخودرامسائلی چون اهتمام نداشتن برای حاکمیت ارزش‌های اسلامی،عدم وجودعدالت اجتماعی، عقب‌ماندگی کشور و سلطه استعماری بیگانگان تشخیص دادوپیش از مشروطه به فعالیت‌هایی دست زد که نتیجه چندانی نداشت.
ناظم‌الاسلام کرمانی درکتاب «تاریخ بیداری ایرانیان»دراین‌باره می‌نویسد:«...آخوند خراسانی همراه بعضی ازعلما،بعد از تامل، علاج را متوقف بر چند امردانستند؛ اول اصلاح حال کلیه متصدیان امور و ترتیب آنها بطبقاتهم...، دوم؛ تحصیل اتحاد کامل فیمابین دولت و ملت به طوری که ازروی واقع و حقیقت(نه محض لفظ و صورت) پدر و فرزند باشند...، سوم؛ تهیه اسباب استغنا از اجانب و احداث کارخانجات و ترویج امتعه داخلیه و افتتاح مکاتب و مدارس کامله به تعلیم و تعلم علوم و صنایع محتاج البهاء با کمال مراقبت و تحفظ بر عقاید و اخلاق و اعمال اطفال مسلمین... او و بعضی دیگر از مراجع، در تهیه مقدمات این امور متحیر بودند که به چه وسیله ممکن تواند بود؟ تا آن‌که در سال‌های پایانی عمر مظفرالدین‌شاه در این باب مذاکراتی شد ولی به مواعید اقناعیه گذشت».
مجموعه حوادث و رخدادهایی که از اوایل سال ۱۳۲۳ تا اواسط ۱۳۲۴ هجری قمری در تهران و بعضی از شهرهای دیگر اتفاق افتاد (به‌ویژه مهاجرت کبرای علمای تهران به قم و به‌دنبال‌آن تحصن در سفارت انگلیس که تغییر عنوان عدالت‌خواهی را در پی داشت)، سبب صدور فرمان مشروطیت در ۱۴جمادی‌الثانی ۱۳۲۴ هجری قمری گردید، آخوند خراسانی همراه بعضی دیگر از مراجع تقلید مقیم نجف در مقابل این حوادث مقدماتی، همچون قضیه موسیو نوز بلژیکی و مهاجرت علما به قم، عکس‌العمل نشان دادند. آخوند و دیگر مراجع عتبات، پس از صدور فرمان مشروطه، از آن حمایت کردند.
ناظم‌الاسلام کرمانی در کتاب «تاریخ بیداری ایرانیان» می‌نویسد:«...آنچنان که خود علمای فوق بعدها نوشتند، در مقام «فحص از خصوصیات» نظام مشروطه برآمدند. آخوند خراسانی، میرزاحسین تهرانی و شیخ‌عبدا... مازندرانی «بعد از تأمل کامل»، به این نتیجه رسیدند که «مبانی و اصول صحیحه آن از شرع قویم اسلام ماخوذ است» و مشکلات اساسی جامعه ایران را که از سال‌ها قبل در مقام چاره‌جویی آن بودند، برطرف می‌کند، از این رو به تأیید و حمایت آن همت گماردند... .»
از اولین نوشته‌های آخوند خراسانی درباره مشروطه و مجلس آن، نامه ایشان به نمایندگان مجلس و علمای تهران در اواخر ذیقعده یا اوایل ذیحجه ۱۳۲۴هجری قمری، پس از نگارش قانون اساسی اولیه است. آقانجفی قوچانی در کتاب «برگی از تاریخ معاصر»درباره محتوای نامه‌های آخوند خراسانی می‌نویسد:«...آخوند درنامه خود به نمایندگان،مجلس را«مفتاح سربلندی دین و دولت و پایه قوت و شوکت و استغنا از اجانب و آبادانی مملکت» معرفی کرده و در ادامه از لزوم اجرای «قوانین محکمه دین» و فراهم‌ساختن ترتیبات صحیح برای رهایی از «فرض ماخوذه از اجانب» و «حصول استغنا از آنها» سخن گفته است... .»
ناظم‌الاسلام کرمانی در همان کتاب «تاریخ بیداری ایرانیان»اضافه می‌کند:«...خراسانی همزمان،نامه‌ای به عالمان تهران نوشت و تلگراف‌های آنها را درباره اتقان امر مجلس، از اعاظم بشارات دانست و فرمود که یقین دارد فصول نظامنامه قانون اسلامی را به حسن مراقبت آن آقایان عظام، طوری مرتب و تصحیح فرموده‌اند که در موارد و مراجعه به محاکمات و سیاسات، با موازین شرعیه منطبق و به توارد و مرور دهور و اعصار، مورد شبهه و اشکال نباشد... .»
از همین روی در اواسط سال ۱۳۲۵ هجری قمری، پس از پیشنهاد و طرح اصل دوم متمم قانون اساسی درباره نظارت فقها بر مصوبات مجلس، آخوند با ارسال تلگرافی نه‌تنها آن را تأیید کرد بلکه بااهمیت دانست. براساس آنچه احمد کسروی در کتاب «تاریخ مشروطه ایران» نوشته: «...اوحتی فرمود که زنادقه عصر به گمان فاسد حریت، این موقع را برای نشر زندقه و الحاد مغتنم و این اساس قویم را بدنام کرده‌اند، در نتیجه لازم است ماده ابدیه دیگر در دفع این زنادقه و اجرای احکام الهیه عزاسمه بر آنها و عدم شیوع منکرات درج شود... .»
در واقع از نظر آخوند خراسانی (آن‌گونه که احمد کسروی در همان کتاب تاریخ مشروطه ایران نوشته) هدف از مشروطه و تاسیس مجلس شورای ملی،«...رفع ظلم و اغائه مظلوم و اعانت ملهوف و امر به معروف و نهی از منکر و تقویت ملت و ترقیه حال رعیت و حفظ بیضه اسلام است... »
آخوند خراسانی همچون برخی فقهای دیگر که ادله روایی را نمی‌پذیرند اما در مرحله بعد مشروعیت تصرفات عمومی را برای فقیه اثبات می‌کنند، به صراحت گفته است: «قدر متیقن[فقیه] از کسانی است که جایز است در مسائل عمومی تصرف کرده یا اذن بدهند، فقها هستند.»
ایشان پس از نقد دلالت روایات بر ولایت عامه فقها، نوشته است:«... لکن از این ادله (ادله روایی) می‌توان به دست آورد که فقیه، قدر متیقن از میان کسانی که احتمال داده می‌شود، مباشرت یا اذن و نظر آنها، معتبر در تصرفات باشد، همچنان که مومنین عادل در صورت فقدان فقیه، قدر متیقن از کسانی هستند که تصرفاتشان مشروعیت دارد...».
این عبارت نشان می‌دهد که از نظر آخوند خراسانی، مشروعیت تصرف،منحصر به فقیه است و تا زمانی که فقیه، موجود است، دیگران به هیچ عنوان به صورت مستقل، مشروعیت ندارند.با وجوداعتقاد آخوند خراسانی به مشروعیت حاکمیت سیاسی فقیهان، از آنجا که ایشان همچون علمای دیگر، در شرایط آن عصر به دلایل گوناگون، حاکمیت مستقیم فقها را عملی نمی‌دانست، به دنبال نظام جانشین وقدرمقدور بود تا مشکلات جامعه اسلامی ایران درحدامکان برطرف شود.ایشان مشکلات سیاسی و اجتماعی ایران درعصرخودرامسائلی چون اهتمام نداشتن برای حاکمیت ارزش‌های اسلامی،عدم وجودعدالت اجتماعی، عقب‌ماندگی کشور و سلطه استعماری بیگانگان تشخیص دادوپیش از مشروطه به فعالیت‌هایی دست زد که نتیجه چندانی نداشت.
ناظم‌الاسلام کرمانی درکتاب «تاریخ بیداری ایرانیان»دراین‌باره می‌نویسد:«...آخوند خراسانی همراه بعضی ازعلما،بعد از تامل، علاج را متوقف بر چند امردانستند؛ اول اصلاح حال کلیه متصدیان امور و ترتیب آنها بطبقاتهم...، دوم؛ تحصیل اتحاد کامل فیمابین دولت و ملت به طوری که ازروی واقع و حقیقت(نه محض لفظ و صورت) پدر و فرزند باشند...، سوم؛ تهیه اسباب استغنا از اجانب و احداث کارخانجات و ترویج امتعه داخلیه و افتتاح مکاتب و مدارس کامله به تعلیم و تعلم علوم و صنایع محتاج البهاء با کمال مراقبت و تحفظ بر عقاید و اخلاق و اعمال اطفال مسلمین... او و بعضی دیگر از مراجع، در تهیه مقدمات این امور متحیر بودند که به چه وسیله ممکن تواند بود؟ تا آن‌که در سال‌های پایانی عمر مظفرالدین‌شاه در این باب مذاکراتی شد ولی به مواعید اقناعیه گذشت».
مجموعه حوادث و رخدادهایی که از اوایل سال ۱۳۲۳ تا اواسط ۱۳۲۴ هجری قمری در تهران و بعضی از شهرهای دیگر اتفاق افتاد (به‌ویژه مهاجرت کبرای علمای تهران به قم و به‌دنبال‌آن تحصن در سفارت انگلیس که تغییر عنوان عدالت‌خواهی را در پی داشت)، سبب صدور فرمان مشروطیت در ۱۴جمادی‌الثانی ۱۳۲۴ هجری قمری گردید، آخوند خراسانی همراه بعضی دیگر از مراجع تقلید مقیم نجف در مقابل این حوادث مقدماتی، همچون قضیه موسیو نوز بلژیکی و مهاجرت علما به قم، عکس‌العمل نشان دادند. آخوند و دیگر مراجع عتبات، پس از صدور فرمان مشروطه، از آن حمایت کردند.
ناظم‌الاسلام کرمانی در کتاب «تاریخ بیداری ایرانیان» می‌نویسد:«...آنچنان که خود علمای فوق بعدها نوشتند، در مقام «فحص از خصوصیات» نظام مشروطه برآمدند. آخوند خراسانی، میرزاحسین تهرانی و شیخ‌عبدا... مازندرانی «بعد از تأمل کامل»، به این نتیجه رسیدند که «مبانی و اصول صحیحه آن از شرع قویم اسلام ماخوذ است» و مشکلات اساسی جامعه ایران را که از سال‌ها قبل در مقام چاره‌جویی آن بودند، برطرف می‌کند، از این رو به تأیید و حمایت آن همت گماردند... .»
از اولین نوشته‌های آخوند خراسانی درباره مشروطه و مجلس آن، نامه ایشان به نمایندگان مجلس و علمای تهران در اواخر ذیقعده یا اوایل ذیحجه ۱۳۲۴هجری قمری، پس از نگارش قانون اساسی اولیه است. آقانجفی قوچانی در کتاب «برگی از تاریخ معاصر»درباره محتوای نامه‌های آخوند خراسانی می‌نویسد:«...آخوند درنامه خود به نمایندگان،مجلس را«مفتاح سربلندی دین و دولت و پایه قوت و شوکت و استغنا از اجانب و آبادانی مملکت» معرفی کرده و در ادامه از لزوم اجرای «قوانین محکمه دین» و فراهم‌ساختن ترتیبات صحیح برای رهایی از «فرض ماخوذه از اجانب» و «حصول استغنا از آنها» سخن گفته است... .»
ناظم‌الاسلام کرمانی در همان کتاب «تاریخ بیداری ایرانیان»اضافه می‌کند:«...خراسانی همزمان،نامه‌ای به عالمان تهران نوشت و تلگراف‌های آنها را درباره اتقان امر مجلس، از اعاظم بشارات دانست و فرمود که یقین دارد فصول نظامنامه قانون اسلامی را به حسن مراقبت آن آقایان عظام، طوری مرتب و تصحیح فرموده‌اند که در موارد و مراجعه به محاکمات و سیاسات، با موازین شرعیه منطبق و به توارد و مرور دهور و اعصار، مورد شبهه و اشکال نباشد... .»
از همین روی در اواسط سال ۱۳۲۵ هجری قمری، پس از پیشنهاد و طرح اصل دوم متمم قانون اساسی درباره نظارت فقها بر مصوبات مجلس، آخوند با ارسال تلگرافی نه‌تنها آن را تأیید کرد بلکه بااهمیت دانست. براساس آنچه احمد کسروی در کتاب «تاریخ مشروطه ایران» نوشته: «...اوحتی فرمود که زنادقه عصر به گمان فاسد حریت، این موقع را برای نشر زندقه و الحاد مغتنم و این اساس قویم را بدنام کرده‌اند، در نتیجه لازم است ماده ابدیه دیگر در دفع این زنادقه و اجرای احکام الهیه عزاسمه بر آنها و عدم شیوع منکرات درج شود... .»
در واقع از نظر آخوند خراسانی (آن‌گونه که احمد کسروی در همان کتاب تاریخ مشروطه ایران نوشته) هدف از مشروطه و تاسیس مجلس شورای ملی،«...رفع ظلم و اغائه مظلوم و اعانت ملهوف و امر به معروف و نهی از منکر و تقویت ملت و ترقیه حال رعیت و حفظ بیضه اسلام است... »