دراین پیام که روز شنبه نسخه‌ای از آن در اختیار ایرنا قرار گرفت،آمده‌است: این مراکز از مهم‌ترین مجموعه‌های ترویج معنویت و معارف اسلامی است که خنثی‌کننده افراط‌گرایی و رشد جریانات تندروی منحرف است بی شک این اقدام غلط و سیاست‌زده، فرصت ظهور جریانات منحرف ضد دین را فراهم می‌کند و محیط های مذهبی آلمان و اروپا را با مشکلات جدی روبه‌رو خواهد کرد.
پیام حاکیست: جامعه مدرسین حوزه علمیه قم با محکوم‌کردن حمله نیروهای پلیس آلمان به این مراکز و ایجاد محدودیت‌های غیرمنطقی برای مسلمانان و شیعیان، از مسئولان دستگاه دیپلماسی و دیگر متولیان امر می‌خواهد با پیگیری‌های حقوقی از فعالیت‌های مرکز اسلامی هامبورگ و مسجد امام علی (ع) حمایت و صیانت کرده و با جدیت مسئله بازگشایی این مراکز را دنبال کنند.
در بخش دیگری از این پیام آمده‌است: دولت آلمان نیز بداند اسلام دین اخلاق، معنویت و صلح و دوستی است. اسلام‌هراسی و اسلام‌ستیزی حربه و توطئه جریان صهیونیسم بین‌الملل است و حرکت در مسیر طراحی‌های مراکز صهیونیستی بیش از هر چیز به دولت و ملت آلمان آسیب خواهد رساند.
جامعه مدرسین حوزه علمیه قم تأکید کرده‌است: گرچه این حمله و ایجاد فشار علیه مراکز عبادی و دینی موجب رنجش مسلمانان مقیم آلمان، مسلمانان جهان، علما، دانشمندان، اساتید دانشگاه و رهبران دینی شده‌است، اما حفظ آرامش و رعایت قانون، در اولویت است و امیدواریم با پیگیری‌های مستمر، هرچه زودتر این مسأله پایان یابد و حقوق مسلمانان و شیعیان مقیم آلمان تأمین گردد.
وزارت کشور آلمان روز سوم مردادماه جاری با مطرح‌کردن ادعاهایی علیه فعالیت‌های مرکز اسلامی هامبورگ، این سازمان و نهادهای زیرشاخه آن را تعطیل کرد.