علت اصلی حادثه قطار مشهد - یزد بیش‌تر از ناحیه راننده قطار بوده اما برای گزارش کامل باید بررسی دقیقی صورت بگیرد.
در وهله نخست بیل مکانیکی به لوکوموتیو و سپس به واگن‌های بعدی برخورد می‌کند. شیشه‌های جلو لوکوموتیو در برخورد با بیل شکسته می‌شود که لوکومتیو‌ران اقدام به کشیدن ترمز می‌نماید که باعث وقوع این حادثه شده است.