به گزارش ایسنا، عملکرد و اساسنامه سازمان لیگ فوتبال در همه سال‌های فعالیتش از ابهامات مهم این سازمان بوده است. اساسنامه پنهانی سازمان لیگ فوتبال موارد عجیبی دارد که ایسنا در گزارشی به آن پرداخته بود و اینجا می‌توانید بخوانید. حالا در مجمع عمومی فدراسیون فوتبال در سال ۱۴۰۳ تصمیم جدیدی از سوی اعضای مجمع گرفته شد و سازمان لیگ فوتبال به طور کامل از فدراسیون فوتبال جدا شد.
با توجه به این که فدراسیون فوتبال حق مالکیتی بر سازمان لیگ ندارد، مجمع عمومی فدراسیون فوتبال با ۴۴ رای از ۸۰ رای ماخوذه تصمیم گرفت که با اصلاح صورت‌های مالی سال‌های گذشته فدراسیون فوتبال، عملکرد مالی سازمان لیگ را از آن صورت‌های مالی خارج کند. پیش از این عملکرد مالی سازمان لیگ در صورت‌های مالی فدراسیون فوتبال لحاظ می‌شد.
مجمع عمومی امروز (دوشنبه) فدراسیون فوتبال یکی از پرابهام‌ترین مجامع این فدراسیون بود و به شکلی برگزار شد که گزارش حسابرس، صورت‌های مالی و برنامه و بودجه فدراسیون فوتبال در سال مالی گذشته و سال آینده اعلام نشد و تنها به اعلام آرای اعضای مجمع که در روزهای گذشته اخذ شده بود، بسنده شد.