سهم ۳ در هزار درآمد دارندگان کارت بازرگانی، طبق قانون نحوه تأمین هزینه‌های اتاق بازرگانی مصوب ۱۳۷۲، برای انجام وظایف اتاق دریافت می‌شود و وزارت اقتصاد طبق این قانون مکلف است این مبالغ را به هنگام دریافت مالیات از دارندگان کارت بازرگانی دریافت و سپس از طریق بودجه سالانه کشور در اختیار اتاق بازرگانی بگذارد. این قانون سپس در سال ۱۳۷۷ اصلاح و درآمد اتاق تعاون از اتاق بازرگانی تفکیک شد. اما بر اساس یک تبصره تناقض آمیز با قانون فوق در لایحه بودجه ۱۳۸۰ که در سال ۱۳۸۴ به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت منتقل شد، دارندگان کارت بازرگانی مکلف شدند سهم ۳ در هزار مذکور را به جای حساب درآمدهای عمومی دولت، به حساب خود اتاق‌های بازرگانی و تعاون واریز کنند. حال کمیسیون تلفیق مجلس شورای اسلامی در جریان بررسی لایحه بودجه ۱۴۰۱، در اقدامی سهم ۳ در هزار از درآمد صاحبان کارت بازرگانی را که تا پیش از این به اتاق بازرگانی اختصاص می‌یافت، از بودجه این تشکل خصوصی خارج و آن را به توسعه زیرساخت‌های صادراتی اختصاص داد. این بخش از بودجه اتاق بازرگانی سالانه تا ۱۰ هزار میلیارد تومان برآورد می‌شود.  متن مصوبه کمیسیون تلفیق مجلس شورای اسلامی در بودجه ۱۴۰۱ به قرار زیر است: «در سال ۱۴۰۱ وزارت امور اقتصادی و دارایی موظف است وجوه موضوع قانون نحوه تأمین هزینه‌های اتاق‌های بازرگانی و صنایع و معادن جمهوری اسلامی ایران، مصوب ۱۳۷۲ را به خزانه واریز نماید. این منابع با هدف توسعه زیرساخت‌های صادراتی و جهش صادرات غیرنفتی و خدمات فنی و مهندسی، هزینه خواهد شد.» این ردیف بودجه قرار است در نهایت با هماهنگی دستگاه‌هایی همچون شورای عالی صادرات، سازمان توسعه تجارت و معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری صرف توسعه زیرساخت‌های صادراتی کشور شود. اما این اقدام واکنش اتاق ایران را در پی داشت؛ به‌طوری که دبیرکل اتاق ایران ضمن تکذیب درآمد هزاران میلیاردی این نهاد، گفت: میانگین بودجه اتاق از محل ۳ در هزار درآمد مالیات ۱۶۰میلیارد تومان است. به گزارش اتاق بازرگانی ایران، محمدرضا رمضانی با تکذیب مطالبی که درباره درآمد هزاران میلیارد تومانی از محل ۳ در هزار درآمد مشمول مالیات دارندگان کارت بازرگانی منتشر شده است، گفت: بر اساس گزارش‌های حسابرسی شده موجود در اتاق ایران میانگین درآمد ناشی از ۳ در هزار درآمد در ۵ سال گذشته یعنی سال‌های ۱۳۹۵ تا ۱۳۹۹ سالانه حدود ۱۶۰ میلیارد تومان بوده است. دبیرکل اتاق بازرگانی ایران خاطرنشان کرد: این منابع بر اساس قانون، طبق گزارش‌های حسابرسی شده در حمایت از اتاق‌های سراسر کشور، تشکل‌ها، انجمن‌ها و اتحادیه‌ها، شورای گفت‌وگوی دولت و بخش خصوصی سراسر کشور، شوراها و اتاق‌های مشترک، کمیسیون‌های تخصصی و سایر واحدهای وابسته هزینه شده است و گزارش آن نیز سالانه در مجمع اتاق ارایه و تصویب شده است. بر اساس اظهارات او اخباری که درباره منابع هزاران میلیارد تومانی از این بخش منتشر شده، به هیچ‌وجه واقعیت ندارد و برخی فضاسازی‌های منفی سعی در تشویش اذهان عمومی و تخریب جایگاه بخش خصوصی دارند.