متن پیام رییس جمهوری به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
انالله و انا الیه راجعون
حضرت حجت الاسلام و المسلمین جناب آقای سیدمحمد خاتمی«دام عزّه»
درگذشت بانوی ارجمند خانم «فاطمه سادات خاتمی»، خواهر مؤمنه و فاضله آن جناب موجب تاسف و تالم خاطر گردید. اینجانب مصیبت وارده را به جنابعالی؛ خاندان معزز و همه بستگان و ارادتمندان بیت شریف مرحوم آیت الله «سید روح الله خاتمی» تسلیت و تعزیت می گویم و از خداوند متعال برای همه بازماندگان، صبر و اجر نیکو و برای آن مرحومه که با فداکاری و تقدیم شهیدی برومند، سهمی گرانقدر در بارور نمودن آرمان های انقلاب اسلامی ایران ایفا نمود، رحمت و مغفرت بی کران الهی را مسئلت می نمایم.
حسن روحانی
رییس جمهوری اسلامی ایران