بسیج دانشجویی با فرمان تاریخی امام‌خمینی(ره) در سال ۱۳۶۷ تشکیل شد و مهم‌ترین هدف آن نیز تربیت نیروی تراز انقلاب اسلامی است. ایشان وظایف عمده بسیج دانشجویی را دفاع از اسلام و انقلاب اسلامی و ارائه چهارچوب‌های اسلام ناب محمدی(ص) بیان داشتند که در واقع با این پیام می‌توان به فلسفه وجودی و هدف بسیج دانشجویی پی برد.
در آذرماه ۱۳۶۸ از محضر مقام معظم رهبری پیرامون بسیج دانشجویی استعلام گردید و معظم‌له فرمودند: «با بسیج دانشجویی موافقم و آن را لازم و ضروری می‌دانم.» و با رهنمودهای خویش بر محوریت دانشجویان به عنوان متولیان امر بسیج دانشجویی تأکید نمودند.
پس از آن شورای عالی انقلاب فرهنگی اصول کلی طرح نحوه تأسیس بسیج دانشجویی را تصویب نمود. لذا پس از تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی از سیزدهم دی ماه ۱۳۶۹ مرکز بسیج دانشجویی تهران تأسیس شد و مسئولیت تشکیل دفاتر بسیج را در دانشگاه‌ها عهده‌دار گردید. با شکل گیری قانونی بسیج دانشجویی در دانشگاه‌ها براساس توان بالای متکی بر ایمان دانشجویان بسیجی، بسیج دانشجویی به سرعت در این محیط مقدس تشکیل و گسترش یافت و بدین سان فرزندان خمینی کبیر(ره) که افتخار بسیجی بودن آن پیرسفر کرده را برای خود موهبتی بزرگ می‌شمردند، آغازگر حرکت بنیادینی شدند که رسالت آن از سوی بنیانگذار جمهوری اسلامی و نوید دهنده فتح سنگرهای کلیدی جهان اسلام توسط اسلام ناب محمدی(ص) به عهده ایشان نهاده شده بود.
راهی که رهبر فرزانه انقلاب اسلامی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای (مدظله العالی) نیز بر تداوم آن تأکید نموده و مهر تأیید زدند از این رو به منظور تحقق آرمان‌ها و ارزش‌های انقلاب اسلامی و ضرورت تسریع در حرکت اسلامی کردن دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی و نیز‌اشاعه تفکر بسیجی به ویژه از سال ۱۳۷۴ موافقت نامه‌هایی بین نیروی مقاومت بسیج با وزارت فرهنگ و آموزش عالی، دانشگاه آزاد اسلامی و وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی به امضا رسید که طرفین در آن نسبت به تقویت و گسترش فعالیت‌های بسیج دانشجویی در دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی تصریح کرده و جهت تحقق آن اعلام آمادگی نمودند.
پس از طی دوره اولیه ایجاد و رشد سخت‌افزاری در بسیج دانشجویی، همت دانشجویان بسیجی علاوه‌بر توسعه کمّی معطوف به افزایش هرچه بیشتر کیفیت و تحول نرم‌افزاری گردید. در سال ۱۳۷۶ جمعی از دانشجویان بسیجی دانشگاه تهران توفیق دیدار با مقام معظم رهبری را کسب نموده و ضمن بیان بینش‌ها، نگرش‌ها و روشهای خود دغدغه‌های خویش را معروض داشتند. رهبر معظم انقلاب در این دیدار صمیمی و معنوی فرامین بسیار مهمی را بیان فرمودند که سرآغاز تحولی بنیادین در بسیج دانشجویی به ویژه در عرصه‌های فرهنگی و سیاسی گردید.
لذا بسیج دانشجویی روز به روز بر کمیت و کیفیتش افزوده می‌گردید و اقبال عمومی دانشجویان و اخلاص و منطق عمل آنها، راه را برای خدمتگزاری بیشتر می‌گشود. در سال ۱۳۷۷ به منظور نهادینه شدن تشکیل، تقویت و توسعه بسیج دانشجویی طرحی از سوی نمایندگان مجلس شورای اسلامی مطرح گردید که پس از بحث و بررسی و انجام کارشناسی لازم، در جلسه علنی با اکثریت مطلق آرا و بدون هیچ مخالفی تصویب شد. سال ۱۳۷۹ یکی دیگر از سرفصل‌های تحولی بسیج دانشجویی آغاز شد، در این سال شرکت کنندگان در نهمین نشست سالانه بسیج دانشجویی سراسر کشور توفیق دیدار با مقام معظم رهبری را یافته و ضمن بیان دیدگاه‌های خویش، به استماع سخنان گهربار ایشان شامل رهنمودها و تأیید رویکردهای اعلام شده بسیج دانشجویی نایل آمدند.
از اواخر همان سال فعالیت‌های جدی مبتنی بر رویکرد آینده‌نگر و استراتژیک آغاز شد که منجر به تغییرات بینشی، نگرشی، روشی و ساختاری در این تشکل گردید. جلوه‌های این تحول وجود بالغ بر دو هزار و پانصد دفتر بسیج دانشجویی در دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی کشور بوده که با گذشت زمان بر انسجام، اثربخشی و پویایی آن در راستای نقش‌آفرینی شایسته در عرصه‌های دانشگاه، اجتماع و فرای مرزهای جغرافیایی در ابعاد اعتقادی، فرهنگی، علمی، سیاسی، ورزشی، صنفی و آمادگی‌های دفاعی می‌باشد.
در این میان اما مهم‌ترین اهداف بسیج دانشجویی را می‌توان اینگونه برشمرد. تبیین، ترویج و تحقق فرامین و رهنمودهای حضرت امام‌خمینی(ره) و مقام معظم رهبری، تحکیم و تعمیق ارزش‌های انقلاب اسلامی و تبیین و توسعه فرهنگ اسلامی در دانشگاه‌ها، بسط فرهنگ و تفکر بسیجی و ارتقای معرفت دینی و بینش فرهنگی، اجتماعی و سیاسی دانشجویان و دفاع همه‌جانبه از انقلاب اسلامی و دستاوردهای آن در عرصه‌های گوناگون فکری، فرهنگی، علمی، سیاسی، اجتماعی و صنفی تنها بخشی از اهداف این تشکل دانشجویی است.
گفتنی است مسئول این تشکل در هر دانشگاه با نظرخواهی از اعضای بسیج دانشجویی هر دانشگاه انتخاب می‌شود و سازمان بسیج دانشجویی کشور، فرد منتخب را به عنوان مسئول بسیج دانشجویی آن دانشگاه منصوب می‌نماید. بسیج دانشجویی در هر دانشگاه دارای معاونت‌های مختلفی است.
معاونت نیروی انسانی وظیفه ساماندهی و پیگیری امور اعضای بسیج را برعهده‌دارد. معاونت مالی مسئول برنامه‌ریزی مالی و پیگیری و تامین مالی این تشکل است. معاونت بررسی و تحلیل یا همان معاونت سیاسی سابق، وظیفه بررسی، رصد و تحلیل مسائل سیاسی، برگزاری کرسی‌های آزاداندیشی و تریبون‌های آزاد در دانشگاه را بر عهده‌دارد.
برگزاری اردوهای جهادی در مناطق محروم و اردوی راهیان نور در مناطق عملیاتی و خدمت رسانی در مسئله اربعین حسینی از وظایف معاونت جهادی و قرارگاه نور است. بالابردن سطح فکر و اندیشه دانشجویان بسیجی، تقویت مسائل اعتقادی و مواجهه با عوامل و پایگاه‌های فکری از جمله فعالیت‌هایی است که معاونت تعلیم و تربیت(آموزش) انجام می‌دهد. پیگیری مسائل اداری، دفتری و تهیه اقلام و تجهیزات و ثبت کلیه اموال از وظایف معاونت اداری و پشتیبانی است.
معاونت علمی و اقتصاد نیز از معاونت‌های نوپا در بسیج دانشجویی است که به دنبال ایجاد تحول علمی و تحقق جنبش نرم‌افزاری و تولید علم و جهاد علمی در دانشگاه‌ها است و آخرین بخش، معاونت فرهنگی اجتماعی است که خود از کانون‌های بسیاری تشکیل شده است. کانون‌های قرآن و عترت، هنر و رسانه، زنان و خانواده، دفاع مقدس، تربیت بدنی، فضای مجازی و سایبری برخی از فعالیت‌های این معاونت در موضوعات مختلف است. تقویت و توسعه فعالیت‌های فرهنگی، هنری و ادبی در جهت بسط فرهنگ انقلاب اسلامی، تقویت و توسعه فعالیت‌های ورزشی و تربیت‌بدنی به منظور حفظ و ارتقای روحیه نشاط و شادابی و مقابله با تلاش دشمن و ایادی آن در تضعیف و تخریب بنیان‌های فکری، اعتقادی و اخلاقی در دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی و مراکز تحقیقاتی و پیشگیری از بحران‌های اجتماعی، سیاسی، فرهنگی و اقتصادی و تقویت آمادگی و روحیه جهادی برای دفاع همه‌جانبه از انقلاب اسلامی و دستاوردهای آن بخشی از وظایف معاونت فرهنگی اجتماعی در بسیج دانشجویی است.
در بسیج دانشجویی، واحد خواهران درحوزه خود دارای استقلال می‌باشد و در ضمن هماهنگی‌های تعریف شده تمامی معاونت‌های ذکر شده در واحد خواهران نیز فعالیت می‌کنند. مسئول واحد خواهران به عنوان جانشینِ مسئول بسیج دانشجویی در هر دانشگاه محسوب می‌شود.