صاحب‌خبر - رهبر معظم انقلاب در پیامی با اشاره به ترور شهید فخری زاده بر پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، تأکید کردند. به گزارش «عصر ایرانیان» به نقل از پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر مقام معظم رهبری، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی در پی ترور دانشمند هسته‌ای شهید، دکتر محسن فخری‌زاده پیامی صادر کردند. متن پیام به این شرح است: دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی کشور جناب آقای محسن فخری‌زاده به دست مزدوران جنایتکار و شقاوت‌پیشه به شهادت رسید. این عنصر علمی کم‌نظیر جان عزیز و گرانبها را به خاطر تلاش‌های علمی بزرگ و ماندگار خود، در راه خدا مبذول داشت و مقام والای شهادت، پاداش الهی اوست. دو موضوع مهم را همه‌ی دست‌اندرکاران باید به جِدّ در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه‌ی بخشهائی که وی بدانها اشتغال داشت. اینجانب به خاندان مکرم او و به جامعه‌ی علمی کشور و به همکاران و شاگردان او در بخشهای گوناگون، شهادت او را تبریک و فقدان او را تسلیت میگویم و علو درجات او را از خداوند مسألت می‌کنم.∎​