پاسخ امام به سه تقاضای طیب
این را شهید عراقی نقل می‌کرد و من خودم حضور نداشتم. خانواده طیب توسط شهید عراقی به امام پیغام فرستاده بودند که طیب گفته است که کار من تمام است. شما سه چیز را برای من تضمین کنید: 1) من که از دنیا رفتم شما به مردم بگویید که من خیانت نکردم. 2) خودتان توسلی بکنید که من بخشیده از این دنیا بروم، چون من هیچ سابقه ی روشنی ندارم و 3) در قیامت دست من خالی است، برای قیامت من فکری کنید.
شهید عراقی می‌گفت امام این سه پیغام را جواب دادند. در پاسخ پیغام اول گفتند: مواظب باش در صفحه آخر کتاب عمرت چه می‌نویسی، عاقبت‌به‌خیری این است. جواب تقاضای دوم اینکه مردم زود روشن می‌شوند که کسی خیانت کرده یا نکرده است، پس نگران مردم نباش. اما درباره تقاضای سوم، آنکه مالکیت قیامت را دارد مالک دل تو هم هست، اما من هم به سهم خودم دعا می‌کنم.
تثبیت مرجعیت امام
حبس را به حصر تبدیل کرد
علمای تهران به این نتیجه رسیدند با بزرگانی که قصد دارند به تهران تشریف بیاورند باید ارتباطاتی برقرار کرد و بر اساس این ارتباطات وحدت و یکپارچگی حوزه‌های علمیه، مراجع و روحانیت را در کشور به نمایش گذاشت. این کار انجام شد و یکی از آثارش این بود که این مجموعه، مرجعیت امام را تایید کرد. طبق قانون اساسی مرجع را به خاطر فتوا و اعلام نظرش نمی‌توانستند تحت تعقیب قرار دهند، لذا مرجعیت ایشان که با حضور مراجع تقلید و علمای بزرگ در تهران مورد تایید قرار گرفت، ایشان را از محاکمه کنار نگه داشت و یکی از آثار این کنار نگه داشتن این بود که نمی‌توانستند امام را در زندان نگه دارند و از زندان به حصر تبدیل شد.
نقش محوری آیت‌الله میلانی
در مراجع مهاجر به تهران
در این وقایع باید انصاف داد که آیت‌الله میلانی معتدل‌ترین و مقاوم‌ترین مرجع تقلید در ایران جلوه کرد. ایشان هم در موضع‌گیری‌ها اعتدال را رعایت می‌کردند و هم برای جمع کردن علما بسیار جدی وکوشا بودند. آیت‌الله نجفی مرعشی همراه ایشان حرکت می‌کردند و هیچ کجا ایشان را تنها نمی‌گذاشتند. آیت‌الله شریعتمداری در استقلال از مجموعه حرکت می‌کردند و رابطه با جبهه ملی ایشان را مقداری از تصمیمات اصلی کنار نگه می‌داشت. بنابراین باید گفت فرمان تقریبا در دست آیت‌الله میلانی بود. مدرسین عالی مقام قم و روحانیت تهران هم عمدتا آهنگ ایشان را داشتند. دولت برای اینکه وضع کشور را عادی جلوه بدهد برای انتخابات مجلس برنامه‌ریزی کرد. در جمع علما، راجع به اینکه در انتخابات شرکت داشته باشند یا نه بحث‌های زیادی شد. نظر آیت‌الله شریعتمداری این بود که باید شرکت کرد ولی نظر آیت‌الله میلانی و عمده مراجع و علما این بود که نباید شرکت کرد. نظر جبهه ملی و نهضت آزادی شرکت در انتخابات بود. هیئت‌های دینی که همراه علما و مراجع بودند طبعا معتقد بودند که نباید شرکت کرد. در نهایت عمده مراجع تقلید انتخابات را تحریم کردند. اینکه امام در سخنرانی آبان 1343 راجع به کاپیتولاسیون، عبارت«مجلس محرم» را به کار می‌برند، منظورشان مجلسی بود که مراجع تقلید آن را تحریم فرموده‌اند. به هر حال یکی از کارهای آقایان علمای هجرت کرده به تهران همین موضع‌گیری درباره انتخابات است.
در ایامی که امام در داوودیه و قیطریه بودند ما بهترین رابطه را به وسیله شهید عراقی داشتیم. حضرت امام معتقد بودند هیچ حرکتی که بین مراجع اختلاف بیندازد، نباید بشود. باید از مراجع دستور گرفت و عمل کرد. هیئت‌های دینی نیز آهنگ مراجع و بیشتر از همه آیت‌الله میلانی را داشتند. حضرت امام هم درباره هیچ چیز دخالتی نمی‌کردند غیر از یک موضوع که مربوط به طیب بود.
دیدار همسر طیب با امام درقیطریه
همسر طیب دو روز مانده به اعدام طیب به وسیله شهید عراقی با امام ملاقات می‌کند و می‌گوید: طیب گفته که کار من تمام است. اگر که اطمینان قیامتی داشته باشم من هم با خیال راحت می‌روم. من به طیب گفتم به خدمت آقا بروم و عرض کنم که ایشان وساطت کند. اما طیب گفت من آن‌قدر آلوده‌ام که هیچ کس حاضر نیست من را به خودش نسبت بدهد. اما ما (خانواده طیب) از شما می‌خواهیم که شما کاری بکنید. امام فرمودند: من اصلا با این‌ها قطع رابطه هستم. در وقتی هم که قطع رابطه نبودم من هیچ چیزی از اینها نمی‌خواستم. همسر طیب و دخترش‌گریه می‌کنند. همسر طیب‌گریه‌کنان می‌گوید: طیب گفت که من آلوده‌ام و من را نمی‌پذیرند. این جا امام فرمودند که چشم، تا حالا این کاررا نکرده‌ام، اما حالا شاید یک راهی پیدا کنم. این خانم از محضر امام بیرون آمد و فردا صبح قبل از اینکه هیچ ارتباطی بین امام و آنها برقرار شود، طیب را اعدام کردند.
جشن بازگشت امام به قم درفروردین1343
امام تقریبا 9 ماه در حبس و حصر تهران بودند تا اینکه در فروردین 1343 به قم بازگشتند. سه شبانه‌روز درقم برای آزادی و بازگشت امام جشن بود. روز بعد از اولین مراسم جشن آزادی امام، روزنامه اطلاعات یک مطلبی را چاپ کرده بود که در آن ادعا شده بود مراجع با دستگاه تفاهم کرده‌اند و آیت‌الله خمینی آزاد شد.
 عصر خدمت امام رسیدیم. امام فرمودند که چه کسی امشب سخنرانی می‌کند؟ گفته شد که آقای(علی اصغر) مروارید. گفتند: اگر به این جا نیامد شما به او اطلاع دهید (به شهید عراقی گفتند. بنده هم حضور داشتم) که بالای منبر سؤال کند چه کسی با شما تفاهم کرده است؟ آن شخص یا اشخاص را معرفی کنید. البته بعد خود آقای مروارید هم خدمت امام رفته بود و آن شب این مسئله را در سخنرانی‌اش مطرح کرد. فردای آن سخنرانی از دفتر روزنامه اطلاعات به امام پیغام داده بودند که اصلا چیزی در روزنامه‌ها به قلم یا به بیان خودمان نیست، می‌نویسند و می‌دهند و ما باید چاپ کنیم. امام چند روز بعد در سخنرانی فرمودند که اینها توجیه نیست، دست از روزنامه بردارید و بروید سراغ یک شغل بهتر.