متن حکم رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم

جناب مستطاب حجة‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ حسن نظری دام اعزازه
درگذشت ریاست فقید دائرةالمعارف فقه اسلامی بر اساس مذهب اهل‌بیت علیهم‌السلام مرحوم حجة‌الاسلام والمسلمین حائری ضایعه‌ئی است که با تفضلات الهی امیدواریم جبران گردد و این جریان عظیم علمی به افاضات و برکات خود ادامه دهد. بدین منظور جناب‌عالی را که بحمدالله از نصاب علمی مطلوب و شایستگی اخلاقی و مدیریتی برخوردارید به ریاست این مؤسسه‌ی مبارک منصوب میکنم. انتظار میرود که با استفاده از همکاری فضلای برجسته و محقق که بحمدالله شایستگی خود را در آن مؤسسه اثبات کرده‌اند به تداوم برکات این شجره‌ی طیّبه اهتمام ورزید و با رعایت انضباط در مقررات گوناگون، سلامت و نزاهت آن مرکز علمی را تأمین نمائید.
توفیق جنابعالی و همکارانتان را از خداوند متعال مسئلت مینمایم.

سیّد علی خامنه‌ای
۲۹ مرداد ۱۳۹۸