دو روز قبل سایت انتخاب در گزارشی اختصاصی از درگیری لفظی میان آقای حسن روحانی، رییس جمهوری و اسحاق جهانگیری، معاون اول در جلسه شورای عالی اقتصادی (روزشنبه اول تیرماه) خبر داد. درگیری‌ای که به نظر می‌رسد، مشخصا درباره اختلاف نظر در مورد ساختار بودجه‌ریزی در کشور و سهم هر دستگاه دولتی از بودجه بوده است. در گزارش سایت انتخاب چنین آمده بود: « در پی بروز مباحثه‌ای در جلسه‌ای در روز شنبه، روحانی خطاب به جهانگیری می‌گوید که شما و اصلاح‌طلبان به دنبال سرنگونی دولت هستید. جهانگیری، اما در واکنش به این سخنان روحانی، اظهارات تندی بر زبان نمی‌آورد، اما تصمیم به ترک جلسه می‌گیرد، ولی لاریجانی از او می‌خواهد جلسه را ترک نکند.»
روز شنبه اول تیر در جلسه شورای عالی اقتصادی، مجادله کلامی میان رییس‌جمهوری و معاون اول او، حاشیه‌آفرین شد. ماجرا از این قرار بود که آقای   اسحاق جهانگیری در این جلسه، از تعلل و انفعال دولت دربرابر برخی تصمیمات مهم اقتصادی انتقاد می‌کند که این انتقادات بی‌پرده، ناراحتی دکترروحانی، رییس‌جمهوری را به‌همراه می‌آورد. دکترروحانی در واکنش به انتقادات جهانگیری می‌گوید که شما با چند تا اصلاح‌طلب جلسه می‌گذارید و مدام دنبال سرنگونی دولت هستید؛ اما من جلوی این قضیه را می‌گیرم. این جملات را دو روز قبل یک سایت حامی دولت منتشرکرده بود. این اظهارات، جهانگیری را برآن داشت تا قصد ترک جلسه را کند؛ اما با وساطت برخی اعضای جلسه، از این اقدام منصرف می‌شود. جهانگیری پس از پایان این نشست، خانه‌نشینی اختیار می‌کند و روز یکشنبه، (فردای جلسه شورای عالی اقتصادی)، برخی وزرای کابینه  از جمله وزرای نفت و نیرو،  با این احتمال که جهانگیری قصد استعفا دارد، به منزلش می‌روند و با پادرمیانی درنهایت جهانگیری را مجاب می‌کنند عصر همان روز در جلسه دولت شرکت کند. سرانجام جهانگیری همراه آقای علوی، وزیر اطلاعات، در جلسه هیأت‌دولت حضور می‌یابد و عکسی که روزنامه ایران روز دوشنبه در صفحه یک خود کار کرد، درواقع، پایانی بر این قهر دوروزه بود.
رسانه های نزدیک به دولت، حواشی رخ داده میان رئیس جمهوری و معاون اول او را با عناوین مختلف، به نوعی لاپوشانی کردند اما با دقت در اظهارات علی ربیعی سخنگوی دولت و حسام آشنا مشاور فرهنگی رئیس جمهوری، می‌توان به برخی اختلافات پی برد. ربیعی درباره ماجرای پیش آمده میان مردان شماره یک و دو کابینه اظهار داشت: در همه جلسات وجود اختلاف طبیعی است. حسام آشنا نیز در توییتی تصریح کرد: جلسات عالی کشور نه جای 
بله قربان گویی است و نه جای خطاب و عتاب و نه جای قهر و ناسازگاری.
مسوول و فرمانده اصلی اصلاح ساختار بودجه کشور، محمدباقر نوبخت است. از همان آغازین روزهای فعالیت دولت دوازدهم، وجود اختلاف میان نوبخت و جهانگیری ورد تحلیل رسانه‌ها شد. تحلیل‌هایی که چهره‌هایی مانند نوبخت و واعظی را در یک جبهه و اسحاق جهانگیری به عنوان نماینده اصلاح‌طلبان در دولت را در جبهه روبه‌رو قرار می‌دادند. اکنون به نظر می‌رسد زخم آن اختلافات، دوباره دهان باز کرده و این بار حول مساله حساس اصلاح ساختار بودجه‌ریزی و سهم هر دستگاه از بودجه حاشیه‌ساز شده است. اختلافات میان جهانگیری و نوبخت و طیف نزدیک به نوبخت، همواره در حدی بوده که باعث شده هرازچندگاهی شائبه استعفای معاون اول رییس جمهوری از دولت بر سر زبان‌ها بیفتد. نمونه‌اش تیرماه سال 97 که اخبار استعفای جهانگیری از دولت قوت و قدرت بیشتری به خود گرفت و حتی عبدالله ناصری، فعال اصلاح‌طلب در گفت‌وگویی با خبرگزاری مهر، به طور ضمنی این خبر را تایید کرد.