بنی‌صدر هم در نهايت با رأي عدم‌کفايت سياسي از سوي مجلس مواجه شده و از کشور مي‌گريزد. در آن هنگام خيلي از مسئولان و در رأس آنها امام، با سخنان بني‌صدر درباره رفراندوم مخالفت مي‌کنند. آخرين رفراندوم و شايد مهم‌ترين آن مربوط به مرداد سال 68 و بازنگري در قانون اساسي است. در اين بازنگري نخست‌وزيري از چارت نظام سياسي ايران حذف شده و موضوع اصل 110 قانون اساسي که به اختيارات رهبري مي‌پردازد، مورد بازنگري قرار مي‌گيرد. اين تغييرات در مرداد 68 به تأييد مردم رسيد.
لوايح دوقلو و رفراندوم
مجلس ششم در طرحي با عنوان اصلاح نظام انتخابات که به لوايح دوقلو معروف شد، تغييراتي را در قانون انتخابات به وجود آورده بود که بعدا با مخالفت شوراي نگهبان مواجه شد. اگرچه تلاش‌هاي زيادي از سوي مجلس و بعد‌ها کميته سه‌جانبه‌اي براي حل موضوع صورت گرفت، اما در نهايت آنچه باقي ماند نتوانست نمايندگان آن مجلس را قانع کند. رضا خاتمي در روزهاي ابتدايي که طرح در مجلس مطرح بود، درباره رد اين طرح از سوي شوراي نگهبان گفته بود: «اگر شوراي نگهبان با اين طرح مخالفت کند، آن را به رفراندوم مي‌گذاريم». گرچه اين موضوع هرگز عملياتي نشد.
واکنش‌ها به طرح رفراندوم حسن روحاني
از آن روز تاکنون ديگر موضوع رفراندوم از سوي مسئولان مطرح نشده است تا زماني که احمدي‌نژاد بحث آن را پيش کشيد و حالا که حسن روحاني گفته است در موضوعات اختلافي به صندوق رأي مراجعه کنيم؛ ارجاعي که به مذاق اصولگرايان خوش نيامده است. در همين راستا عزت‌الله ضرغامي، رئيس سابق سازمان صداوسيما، در حساب توييتري خود نوشت: «در برابر حضور ده‌ها ميليون ايراني غيرتمند در کف خيابان‌هاي ايران و اعلام موضع صريح در مقابل دشمن، حرف از رفراندوم زدن نه تدبير است و نه حتي سليقه! هرچند که اصل حرف هم خيلي مورد اعتنا نيست».
تفسير حسين شريعتمداري از اصل 59
حسين شريعتمداري، مديرمسئول کيهان، هم در گفت‌و‌گو با خبرگزاري تسنيم در‌اين‌باره گفت: «پيشنهاد رفراندوم از سوي رئيس‌جمهور در سخنراني روز 22 بهمن، مي‌تواند نشانه ناخشنودي ايشان از حضور ده‌ها ميليوني مردم در اين راهپيمايي باشکوه و تماشایي 22 بهمن تلقي شود. همه‌پرسي که در اصل 59 قانون اساسي آمده است، مربوط به مواردي است که قانون درباره آن گويا و صريح نيست که در آن صورت با تصويب دو‌سوم نمايندگان مجلس درباره آن همه‌پرسي صورت مي‌گيرد، اما  وظايف قانوني رئيس‌جمهور به‌صراحت در قانون اساسي و قوانين جاري آمده است. اين بعد از سخنان ايشان حديث مفصل ديگري است که نبايد از کنار آن با بي‌توجهي عبور کرد». در اين سو عبدالله ناصري، فعال سياسي اصلاح‌طلب، اما در گفت‌وگو با «ايسنا»، برگزاري همه‌پرسي را بازگرداندن اميد به جامعه مدني خواند. آنچه به نظر مهم مي‌رسد اين است که جريان اصولگرا در اين ميان بيشترين مخالفت را با سخنان روحاني داشته و حتي آن را نوعي ساختارشکني ارزيابي کرده‌اند، اما بايد ديد روند طي‌شده چه بوده است که اجراي اصلي از اصول قانون اساسي را به‌مثابه نوعي تهديد به شمار مي‌آورد؟