در شرایطی که ناظران و کارشناسان ورزش همواره بر این عقیده بوده‌اند که بالاترین رکن اجرایی ورزش یعنی وزارتش ورزش و جوانان یا سازمان تربیت بدنی سابق باید دست از باشگاهداری کشیده و به نقش اصلی حاکمیتی خود یعنی نظارت بر مجموعه ورزش بپردازند، اما عملا این موضوع هیچ گاه محقق نشده است. در این رابطه از پاره‌ای ملاحظه کاری‌های غیرورزشی تا شیرینی مدیریت این دو باشگاه که شهرت خوبی برای مسئولان ورزش داشته جملگی مانع واگذاری استقلال و پرسپولیس به بخش خصوصی بوده‌اند.

این باشگاهداری طبیعتا حواشی خاص خود را برای راس وزارت ورزش به دنبال داشته است یک روز هواداران پرسپولیس مقابل او ایستاده‌اند و روز دیگر هواداران استقلال. این روزها درحالی که آبی‌های پایتخت در قعر جدول رده‌بندی لیگ برتر قرار دارند برخی هواداران این تیم انگشت اتهام را به سمت وزیر ورزش نشانه رفته و او را متهم به پرسپولیسی بودن کرده‌اند، امری که مطابق انتظار مسعود سلطانی فر آن را رد کرد.

سلطانی‌فر در این باره به پایگاه خبری وزارت ورزش گفت: این‌که بنده طرفدار یکی از این دو تیم باشم غیرقابل قبول است تلاش ما این است که به همه باشگاه‌ها کمک کنیم تا بتوانند موفقیت کسب کنند.

وزیر ورزش و جوانان خاطرنشان کرد: استقلال و پرسپولیس دو تیمی هستند که طرفداران پرتعدادی دارند و هر وقت حال این دو باشگاه و سایر باشگاه‌ها خوب بوده حال فوتبال ملی و تیم ملی ایران خوب بوده است. وظیفه و مسؤلیت و گرایش و ایده‌ام این است که به هر دو تیم کمک کنم، چون احساس می‌کنم کمک به رشد فوتبال در این دو تیم, کمک به رشد فوتبال ملی است و کمک به افتخارآفرینی فوتبال در سطح آسیا و دنیا.

وی در خصوص موضوع رفع مشکلات دو تیم هم گفت: با توجه به این‌که این دو تیم بیشترین هوادار را در سطح کشور دارند واقعا برای من مهم است که مشکلات این دو تیم را ما بتوانیم به‌گونه‌ای حل کنیم که این دو تیم همیشه در وضعیت خوبی قرار داشته باشند و بتوانند بازی‌های خوبی انجام دهند و پیروزی‌های خوبی داشته باشند بویژه در مسابقات برون‌مرزی.

سلطانی‌فر خاطر نشان کرد: باید تلاش کنیم که همه تیم‌ها شرایط مطلوبی داشته باشند تا تیم ملی ایران هم قدرتمند باشد. من گرایش رنگی خاصی ندارم و طرفدار رنگ سفید پیراهن تیم ملی ایران هستم.