برگزاری جلسه هم اندیشی با موضوع «همکاری­ های آموزشی و پژوهشی در بخش صنایع، معادن و بازرگانی» با حضور برات قبادیان معاون وزارت صنعت، معدن و تجارت، وحید احمدی معاون پژوهش و فناوری وزارت علوم و محمود نیلی احمد آبادی رئیس دانشگاه تهران از دیگر برنامه های روز نخست این اجلاس به شمار می ­رود.

در روز دوم اجلاس نیز، نشست تخصصی «همکاری­ های حوزه نفت، گاز و پتروشیمی با نظام علم و فناوری کشور» به ریاست بیژن زنگنه وزیر نفت و بحث و تبادل نظر شرکت کنندگان برگزار می­ شود.

از جمله برنامه ­های روز دوم این اجلاس سراسری، سخنرانی حجت­ الاسلام­ والمسلمین محمدیان رئیس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه­ هاست و در ادامه قرار است نشست هم اندیشی با موضوع «دانشگاه، پویایی، امنیت و آرامش» با حضور حجت الاسلام والمسلمین سید محمود علوی وزیر اطلاعات، حسین میرزایی سرپرست معاونت فرهنگی و اجتماعی وزارت علوم، داریوش سلیمی مشاور وزیر علوم و رییس مرکز حراست و بحث و گفت وگوی رؤسای دانشگاه ­های سراسر کشور برگزار شود.

بخش پایانی اجلاس به ریاست محمد باقر نوبخت معاون رئیس جمهور و رئیس سازمان برنامه و بودجه در نشستی تخصصی با موضوع «برنامه و بودجه؛ نظام علم و آموزش عالی کشور» و با حضور عبدالحسین فریدون مشاور وزیر و مدیر کل حوزه وزارتی و حسین عسکریان ابیانه معاون اداری، مالی و مدیریت منابع وزارت برگزار می‌شود و سرانجام بیانیه پایانی اجلاس سراسری رؤسای دانشگاه­ های سراسر کشور قرائت خواهد شد.

برگزاری آئین بزرگداشت و قدردانی از محمد فرهادی وزیر سابق علوم با سخنرانی برخی از مسئولان و همکاران وی در وزارت علوم و اجرای برخی برنامه­‌های فرهنگی از دیگر بخش ­های این اجلاس به شمار می­ رود.