مهم ترین لحظه حضور باقری در استقلال تا کنون گلی بود که مقابل سپاهان در هفته آخر به ثمر رساند و نایب قهرمانی استقلال را در لیگ برتر قطعی کرد. پس از آن جایگاه باقری برای منصوریان تغییر کرد و او در لیگ قهرمانان نیز در ترکیب ثابت آبی پوشان قرار گرفت.

باقری با این شرایط به ادامه حضور در استقلال برای فصل جدید نزدیک شد اما همچنان تفاوتی مهم میان وضعیت او و دیگر هافبک های مرکزی استقلال وجود دارد.

با توجه به جایگاه امید ابراهیمی، امید نورافکن و روزبه چشمی در استقلال همچنان باقری از اولویت پایین تری برای قرار گرفتن در ترکیب اصلی استقلال برخوردار است.

او در صورت درخشش در ترکیب استقلال در لیگ هفدهم می تواند این شرایط را تغییر دهد البته ابتدا باید این شانس را پیدا کند که در ترکیب مورد استفاده قرار بگیرد.