ماجرا از این قرار بود که آیت الله مهدوی کنی در زمان تسخیر سفارت، مسئول کمیته های انقلاب بود و به نوعی مسئولیت برقراری نظم و حفاظت امنیت را برعهده داشت. زمانی که دانشجویان پیرو خط امام(ره) از دیوار سفارت آمریکا بالا می روند و ماجرای گروگانگیری کارکنان آمریکایی به وجود می آید، مهدوی کنی بلافاصله پس از اطلاع، در صدد حل موضوع بر می​آید و با پیگیری با برخی دستگاه ها تلاش می کند تا ماجرا را خاتمه دهد، اما در جریان این پیگیری ها متوجه می شود که امام خمینی(ره) از این حرکت دانشجویان حمایت کرده اند. از این لحظه به بعد است که مهدوی کنی با وجود این که همچنان معتقد است کار دانشجویان در تسخیر سفارت کار درستی نبوده است، اما از آنجا که رهبر انقلاب از این حرکت حمایت کرد، این موضع حکومتی را پذیرفت و دیگر موضعی در مخالفت با این ماجرا نگرفت و بعدها درباره این ماجرا چنین گفت:«من حالا آنچه که اعتقاد خودم است، می خواهم عرض بکنم. ابا ندارم از گفتن اعتقاد خودم، منهای دستور امام(ره) که معتبر برای ما بود، آنچه که اول من قبل از دستور امام، خودم اعتقاد داشتم، منهای جنبه کمیته چی بودن و مسئولیت کمیته و مسئولیت امنیت و انتخابات کشور، خود من این حرکت را نمی پسندیدم که به سفارتخانه ها، بخصوص سفارت آمریکا حمله کنیم. من این را مضر می دیدم. برای این که اول از نظر قوانین بین المللی، خب، ریختن توی سفارت، حالا ما ولو می گوییم لانه جاسوسی است، درست است ولی در دنیا اینها را نمی خرند... بخصوص ادامه آن را به صلاح نمی دیدم چنان که عملا ادامه این کار به نفع ما تمام نشد، زیرا آنها پس از 444 روز آزاد شدند. آخر کار به جایی رسید که التماس کردیم گروگان ها را تحویل بدهیم.

مهدوی کنی در جای دیگری در این باره گفته بود: وقتی شنیدیم که به سفارت حمله کرده اند برای ما خیلی غیرمترقبه بود وتعجب کردیم. اجمالا یادم هست که آقای بهشتی و مهندس بازرگان به من زنگ زدند که آقا شما چرا نشسته اید؟ کجا هستید؟ نیروی انتظامی کجاست؟ کمیته ها کجا هستند؟ دانشجویان به سفارت ریخته اند و آنجا را تصرف کرده اند و آمریکایی ها را به گروگان گرفته اند...

من از کمیته ها پرسیدم چرا این طور شده؟ گفتند آمدند و به سفارت حمله کردند و از دیوار سفارت بالا رفتند و ما هم مقابل بچه ها ایستادگی نکردیم چون اجازه نداشتیم با بچه های خودمان بجنگیم. بعدا معلوم شد همین دانشجویان خط امام وارد لانه شده اند. من همان موقع به مرحوم احمد آقا زنگ زدم. یادم می آید شب آن روزی بود که به سفارت ریخته بودند. زنگ زدم و پرسیدم جریان چیست؟ مرحوم احمد آقا اول خندیدند و پاسخ نمی دادند. من گفتم آخر چه شده؟ شما اطلاع دارید؟ ایشان می خندیدند.

خاطرات محمدرضا مهدوی کنی

تدوین: غلامرضا خواجه سروی